lammps建模_LAMMPS之Moltemplate建模教程

无论是对于新手还是有经验的操作者，LAMMPS输入文件的构建都是很费脑筋的计算环节。这是由于LAMMPS的数据格式比较特殊，与其他软件的接口差异大，不能直接导出或者导出文件的错误率高。

在建模软件中，moltemplate是LAMMPS官方支持的建模工具之一。它是一个通用的分子构建器和力场数据库系统，适用于LAMMPS建模。该程序创建了一种简单的文件格式来存储分子定义和力场，即模板LT。LT文件包含与特定分子有关的所有文本(包括坐标，键拓扑，角度，力场参数，约束，组和修复)。Moltemplate可以复制分子，对其进行自定义，然后用它作为构建更大、更复杂分子的基础。构建后，可以自定义单个分子和亚基(原子和键，以及可以插入、移动、删除和/或替换子单元)。Moltemplate支持所有LAMMPS力场样式以及几乎所有原子样式(现在和将来)。

Moltemplate主要用于粗粒化模型的构建。要实现全原子模拟，可以使用ATB服务(https://atb.uq.edu.au)下载适应于目标分子的LT文件，或手动创建LT文件。对于全原子模拟的情况，如果想使用moltemplate附带的力场参数集(例如OPLSAA，GAFF2，COMPASS)，必须手动选择分子中每个原子的类型。Moltemplate不会自动分配原子类型。比如OPLS力场的参数在oplsaa.lt文件中给出，需要手动选择匹配的原子类型(可能还需要调整其部分电量)。这对于简单的有机分子或材料片段(例如聚乙烯或苯)来说不难，但是对于像蛋白质和大分子这样的复杂分子或者材料而言还是很有难度的。

Moltemplate不具有原子类型的自动分配功能，使用的原子类型需要从pdb文件获取，也不会自动修复残缺不完整的pdb文件。事实上，在读取pdb文件