量子化学软件包Mopac使用记录

Note:

#mopac做QMMM计算: MOPAC Manual

用mopac做qmmm计算，最好是提供一个mm软件比如namd或者GROMACS，细听分说：

在半经验Hamiltonian的情况下，通过将电子的相互作用能与溶剂（MM原子）产生的静电势相加到单电子哈密顿量的对角元素中，将溶剂的影响结合到半经验QM / MM哈密顿量中是非常简单的。公式：

（这里hνv是气相单电子哈密顿量元素，其中第v个轨道以原子i为中心，qj是MM原子j的电荷，其中j遍历所有MM原子）

在MOPAC中实现了这种简单的修改。QM原子在MM原子所需的静电势通过MOLARIS-XG模拟包计算，该仿真包还使用MOPAC提供的电荷计算相应的QM / MM静电能量导数。 这允许执行几乎任何QM / MM计算（例如，无激活能垒，平均偶极矩，吸收和发射光谱）。 此外，此功能允许MOPAC和任何MM程序（例如GROMACS）之间的通用接口

Mol.in文件的格式：

MM文件必须提供一个像这样的mol.in文件：

<empty line>

n1 n2

0 0 0 0 φ(1)

…

0 0 0 0 φ(n)

n1是原子数，n2是连接原子数，n是qm原子（包括连接原子）

φ（i）单位是kcal /（mol·e），其中e是基本电荷。 如果原子距离rij以Ångstroms给出，并且qj以基本电荷表示（比如，一个电子为-1），则φ（i）由下式给出：

该文件应位于正在执行MOPAC的目录中。

一个例子：

一、基础测试

Running MOPAC：

输入：输入文件后缀一般是".mop", ".dat", or ".arc" 

输出：所有成功运行的mopac都会写一个输出文件“.out”，这个文件包含了系统的信息，很多mopac工作还声称一个存档文件：“.arc”这个文件概括了计算，包含了优化的结果。

二、gpu测试（详见mopac测试）

$小于100个原子的时候将不会用GPU

￥当使用GPU芯片时，MOZYME的工作不会跑得更快。

￥查看GPU状态：nvidia-smi     查看可用gpu

关键词：

THREADS=n，用几个线程。不设置的话，默认为最大线程数（尽管每个核心支持两个线程，最大线程数等于核心数）

NOGPU   不试用GPU加速

T：指定cpu计算一定时间后自动关闭

DUMP：rst保存频率？

MOZYME:定域分子轨道方法

三、关键词（官网）

&： 在某一行出现了“&”关键词，该行的关键词被omitted

T=2M   设置一定计算的时间后，程序停止，默认是两天。这个是两分钟

XYZ：将所有坐标转化为笛卡尔坐标去计算

CUTOFF=9.0：MOZYME截断距离设置为9.0

AUX：输出辅助信息到aux文件中

LET：我知道我在做什么，跳过任务执行前的检查

GRAD：梯度计算并输出

QMMM：识别并使用mm软件产生的mol.in文件

GEO-OK：跳过安全检查。当使用了MOZYME的时候，如果提供的电荷是错误的，并且用了GEO-OK，将会使用正确的电荷，计算继续。这可不是一个好的想法：因为MOZYME提供的不一定是正确的！

CIS：组态相互作用计算中，计算基态和一个电子激发态

CISD：计算基态和单双电子激发

CISDT：计算基态和单双三电子激发态

VECTORS：HOMO和LUMO的原子轨道系数。打印出本征值和本征向量。默认打印出9个最高占据轨道和7个最低非占据轨道，如果想打印出所有的，加关键词ALLVEC。本征向量一般是统一的，因为系数的平方和是1。如果使用了MOZYME，需要加EIGEN打印出本征向量。

前面8个是HOMO以下的轨道

后面8个是HOMO，LUMO，LUMO+1，LUMO+2……

一、Mopac介绍

是一种通用的半经验分子轨道软件包，用于研究固体状态和分子结构和反应。半经验哈密顿MNDO, AM1, PM3 , PM6, RM1, MNDO-d, PM7用于计算电子部分，从而获得分子轨道、生成焓、和分子结构的衍生物。Mopac计算振动光谱，热力学量，同位素替代效应和分子、自由基、离子和聚合物的力常数。为了研究化学反应，过渡态定位程序还有双过渡态定位程序是可用的。用户必须知道程序的工作原理，如何输入数据如何解释结果，出现问题如何做。

虽然MOPAC要求量子理论和热力学中的许多概念并使用一些相当高级的数学，但用户不必熟悉这些专业主题。 MOPAC是在考虑非理论家的情况下编写的。 输入数据尽可能简单，因此用户可以关注所涉及的化学反应，而不关心量子和热力学外来物。

简单描述下mopac：用户创建分子系统的数据文件并制定所需的计算和输出类型。然后执行计算，最后用户从输出文件中提取所需要的东西。

MOPAC这个名称应理解为“Molecular Orbital PACkage”。

Mopac版本：2006-2007-2009-2012-2016。2007删除了MINDO/3，并且用FORTRAN-90/95重写;2009加入了MOZYME方法；2012加入了PM7和PM7-TS；2016加入了过渡态定位和生化建模。

二、问题

1、mopac执行功能不需要联网

2:、mopac只有在线手册

3、输入文件格式——如何运行——输出结果含义

4、用Jmol观察分子轨道

5、如果没有关键词，默认的为：

PM7（默认方法） 

RHF（not UHF）

Singlet or doublet（默认自旋状态)

Geometry optimization （not a single point）

T=2D （默认时间：2cpu days）

DUMP=2H （检查文件（.res和.den）每两小时写一次）

6、如何得到HOMO和LUMO的原子轨道系数： VECTORS

7、什么时候用C.I.什么时候用UHF：激发态或者自旋量子化的时候用CI；优化结构，反应路径的时候用UHF

8、如何在一次run中顺次做结构优化和力常数计算？

下面加关键词OLDGEO，可以用上面得到的结构进行计算

三、结构识别

1、内坐标和笛卡尔坐标可以混用，多个结构可以放到一个输入文件中顺次运行

四、例子

1、输出文件介绍

（1）license位点号   非商业用    版本 年.Linux  64位

（2）引用 ； days left：license还有多少天过期

（3）计算的开始时间以及计算的关键词

（4）计算开始之前重新打印一下关键词

（5）输入坐标（优化的标志1被*代替）

（6）笛卡尔坐标

（7）PM7的引用文献；经验化学式

（8）点群理论和计算类型

（9）do 1SCF，自洽场计算终端信息，说明计算成功

（10）最终生成焓；总能量（等于电子能量+原子核的能量）；电子能量；原子核能量（核心-核心）；分子的总溶剂可及表面积；分子的孔洞体积（水中）；电离能（移除一个电子所需要的最少能量；在RHF计算中即是HOMO轨道的能量的负数）；HOMO、LUMO轨道能量；充满的轨道数量？；分子重量

（11）分子维度；自洽场迭代计算次数；时钟时间；cpu时间

（12）最终构象；最终构象的笛卡尔坐标

（13）本征值（轨道能量；伏特）

（14）净电荷和偶极子贡献

（15）偶极子，右下角

（16）原子轨道电子布居

2、MOZYME（怎么用着没加速多少）

3、CI计算

C.I.=n????  指定活化空间轨道数？

The methods in MOPAC are not accurate for predicting excitation energies.  If excited state energies are needed, use ZINDO or other C.I. method.

4、使用对称性（暂不需要）

5、为图形用户界面生成数据

关键词GRAPH：可以生成二进制的电子密度图文件。<name>.gpt

关键词GRAPHF：可以生成格式化的文件<name>.mgf，可用Jmol可视化。默认有18个轨道数， HOMO - 7 to the LUMO + 7。unless ALLVEC is added, in which case all M.O.s are written out.

6、寻找过渡态（暂时不需要）

7、蛋白例子

计算速度测试：

1、MOPAC2016默认自带GPU加速，但是计算的原子数必须大于100才启用。可以添加关键词NOGPU设置不加速

2、最大线程数等于核心数，所以本次测试最大线程数是28个。Def=28

3、总的加速效果，gpu加速不如单纯的多线程cpu