密度峰值聚类算法介绍(DPC)

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于 2022-07-25 09:16:54 首次发布
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引言

Rodriguez 等于2014年提出快速搜索和寻找密度峰值的聚类(clustering by fast search and find of density peaks)，简称密度峰值聚类(density peaks clustering，DPC)算法。

一、DPC算法

1.1 DPC算法的两个假设

1）类簇中心被类簇中其他密度较低的数据点包围；
2）类簇中心间的距离相对较远。

1.2 DPC算法的两个重要概念

1）局部密度
设有数据集为 X N × M = [ x 1 , x 2 , … , x N ] T X_{N\times M}=[x_1, x_2, … ,x_N ]^T XN×M​=[x1​,x2​,…,xN​]T，其中 x i = [ x i 1 , x i 2 , … , x i M ] T x_i=[x_{i1}, x_{i2}, … ,x_{iM} ]^T xi​=[xi1​,xi2​,…,xiM​]T，N为样本个数，M为样本维数。

对于样本点 i 的局部密度，局部密度有两种计算方式，离散值采用截断核的计算方式，连续值则用高斯核的计算方式。

2.方法模型

2.1 稳健深度自编码器

深度自编码器（Deep Auto-Encoder, DAE）被大量应用在图像识别，噪声去除与数据降维领域。

它是一种无监督学习算法，模型期望输出与输入相同。

参考链接
[1] 密度峰值聚类算法(DPC) 2021.11
[2] 基于相互邻近度的密度峰值聚类算法 2021.3

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提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录前言一、DPC是什么？二、算法参数介绍1.局部密度2.距离3.代码部分3.1 导入数据包3.2 计算数据点两两之间的距离3.3找到密度计算的阈值dc3.4 计算每个点的局部密度3.5 找到距离其最近的点的距离3.6 选择聚类中心3.7 对除聚类中心的点进行聚类3.8 代码汇总4.实验4.1人造数据集4.2鸢尾花数据集总结参考文献 前言 2014 年 6 月,一篇题为《Clustering by fast search and.
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名称：DPC聚类算法 功能：聚类数据集 类别：密度聚类算法
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密度峰值聚类算法（Density Peak Clustering Algorithm），能够自动发现数据中的密度峰值点，并根据峰值点将数据进行聚类，该算法由Alex Rodriguez和Alessandro Laio于2014年提出。发表science一直感觉聚类算法上个世纪应该研究差不多了，每想到这么近（2014）还有不错的不错的算法提出，而且发表在science，有点激动，23333。
密度峰值聚类(DPC)算法（Python3实现）
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密度峰值聚类（Density peaks clustering, DPC）算法是由Rodriguez和Laio于2014年提出的一种聚类分析算法。其原始文献名是在在 Science上发表的，论文名称为“Clustering by Fast Search and Find of Density Peaks”。这种聚类方法该算法是一种基于密度的聚类算法，可以自动确定聚类中心和聚类的数量并适用于处理各种形状和分布的数据集。
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快速搜索和寻找密度峰值的聚类(clustering by fast search and find of density peaks)，简称密度峰值聚类(density peaks clustering，DPC)算法，该算法的优点为：不需要事先指定类簇数；能够发现非球形类簇；只有一...
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Rodriguez A, Laio A. Clustering by fast search and find of density peaks[J]. Science, 2014, 344(6191): 1492-1496.基于这篇文章实现的最基本的密度聚类的算法密度峰值聚类py代码
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1.引言     2014年6⽉，Alex Rodriguez和Alessandro Laio在Science上发表了⼀篇名《Clustering by fast search and find of density peaks》的⽂章，提供了⼀种简洁而优美的聚类算法，是⼀种基于密度的聚类方法，可以识别各种形状的类簇，并且参数很容易确定。它克服了DBSCAN中不同类的密度差别⼤、邻域范围难以设定...
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基于密度峰值的聚类算法全称为基于快速搜索和发现密度峰值的聚类算法(clustering by fast search and find of density peaks, DPC)。它是2014年在Science上提出的聚类算法，该算法能够自动地发现簇中心，实现任意形状数据的高效聚类。密度峰值聚类算法是对K-Means算法的一种改进，是一种不需要迭代的，可以一次性找到聚类中心的方法聚类方法。
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目录   1、前言 2、密度峰值算法 2.1、距离度量 2.2、局部密度 2.3、与高密度点之间的距离 3、如何聚类 1、前言 With the rapid development of informatization, there are large amounts of data generating in all walks of life, from the Intern...
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### 密度峰值聚类算法介绍 密度峰值聚类（Density Peak Clustering, DPC）是一种基于密度的聚类方法，该技术通过识别数据集中具有局部最高密度的数据点作为簇中心来实现聚类操作[^1]。这些被选中的点被称为“密度峰”，它们不仅拥有较高的样本密度而且距离其他更高密度点较远。 对于每一个对象而言，在DPC中有两个重要的参数用于描述其特性： - **局部密度 \( \rho_i \)** ：衡量周围有多少邻居位于某个特定半径范围内； - **距离 \( \delta_i \)** : 定义为离第i个点最近的一个比它密度更高的点之间的最小欧氏距离；如果当前节点已经是全局最大密度，则设此值无穷大。 当这两个指标计算完毕之后，可以通过绘制决策图来进行可视化分析，其中横坐标表示局部密度\( \rho \)，纵坐标代表距离\( \delta \) 。那些处于右上方区域内的点即被认为是潜在的核心点或者说密度高峰位置。 一旦确定了所有的核心点后，就可以按照一定规则分配剩余未分类的对象到最接近自己的高密度区形成最终的类别划分结果。 #### Python 实现代码示例 下面给出了一种简单的Python版本实现方式，利用`scipy.spatial.distance.pdist`函数计算两两点间欧式距离矩阵，并据此求解各点对应的局部密度以及最小距离向量。 ```python import numpy as np from scipy import linalg from sklearn.neighbors import KDTree def find_density_peaks(dist_matrix, dc=None): """Compute local densities rho and minimum distances delta.""" n_samples = dist_matrix.shape[0] # Compute the cutoff distance if not provided. if dc is None: sorted_distances = np.sort(dist_matrix.flatten()) percentile_2 = int(0.02 * len(sorted_distances)) dc = sorted_distances[percentile_2] # Calculate local density ρ based on Gaussian kernel function. gaussian_kernel = lambda d: np.exp(-(d / dc)**2) rhos = np.sum(gaussian_kernel(dist_matrix), axis=1) # Build a KD Tree to efficiently query nearest neighbors with higher density. tree = KDTree(np.column_stack((rhos, range(n_samples)))) queries = [(rho, i) for i, rho in enumerate(rhos)] _, indices = tree.query(queries, k=[2]) deltas = np.full_like(rhos, fill_value=np.inf) for idx, neighbor_idx in enumerate(indices[:, 0]): if rhos[idx] < rhos[neighbor_idx]: deltas[idx] = dist_matrix[idx][neighbor_idx] return rhos, deltas if __name__ == "__main__": # Generate some test data points. X = np.random.rand(50, 2) # Construct pairwise Euclidean distance matrix between all pairs of samples. dists = linalg.norm(X[:, np.newaxis, :] - X[np.newaxis, :, :], axis=-1) # Find density peaks according to given dataset. rhos, deltas = find_density_peaks(dists) print("Local Density:", rhos) print("Minimum Distances:", deltas) ```
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