10月 kaggle-酶稳定性预测

已于 2022-11-09 21:25:18 修改
阅读量870 收藏 7
点赞数
分类专栏： Kaggle 文章标签： 深度学习 python cnn
于 2022-11-02 21:05:48 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46713695/article/details/127658989
版权
本博客聚焦于2022年10月的Kaggle竞赛——酶稳定性预测，旨在利用机器学习，特别是深度学习技术，预测酶变体的热稳定性。课程覆盖了从赛题介绍到模型建立，适合熟悉gradient descent和boosting原理的机器学习爱好者。参赛者将学习如何通过CNN等模型预测单点氨基酸突变对酶稳定性的影响。提供了一系列的课程链接、代码数据集、随堂笔记和学习资料。
摘要由CSDN通过智能技术生成

赛题介绍：

酶（Enzymes）是在生物的化学反应中起催化剂作用的蛋白质。这项竞赛的目的是预测酶变体的热稳定性（thermostability）。测量酶的热稳定性（熔化温度. melting point）的实验数据主要包括自然序列（natural sequences）以及在自然序列上具有单个或多个突变的工程序列（engineered sequences）。理解并预测蛋白质稳定性是生物技术的一个基本问题。本课程通过机器学习建模的方法，降低酶稳定性预测的试错和设计成本

比赛任务：通过机器学习的建模方法，预测单点氨基酸突变和缺失后酶的热稳定性（熔化温度）排名。

适合人群：机器学习者，了解gradient decent/boosting基本原理。Kaggle竞赛爱好者，了解Kaggle竞赛的建模过程

时间：2022.10.31（一）晚上20：00
内容：
01课 赛题介绍 + Kaggle平台学习 + 开发环境搭建 + 比赛数据探索性分析
课程地址：https://ger.xet.tech/s/2c5Zk2
baseline代码数据集：
链接&#x

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
赵孝正
关注
专栏目录
订阅专栏
Lesson1:酶预测大赛1
weixin_46713695的博客
11-13 914
lesson1
[2022-kaggle]-Novozymes Enzyme Stability Prediction前排高分baseline（Novozymes 酶稳定性预测）
weixin_40345790的博客
11-15 545
2022年kaggle Novozymes Enzyme Stability Prediction的排baseline分享，希望能和大家一起学习！
kaggle酶稳定性预测第三名解决方案分享
watermelon_c的博客
04-20 1234
我分别使用了如下三个数据集训练了三个11-fold xgb模型。数据集1数据集2数据集3和以下公共笔记本ensemble后得到最终结果。rosettarmsd第一点是利用三维坐标来构建突变残基的环境，例如相邻残基和突变残基之间的相对距离。第二点是，现有的服务器或模型，如Rosetta、FoldX、ESM等，在这场比赛中取得了不错的成绩。第三点是找到方法来区分野生型和突变型。在这次比赛中，很多公共笔记本都使用了野生型，但注意野生型和突变型的区别可能也会有所帮助。参考资料：[1]
过拟合 欠拟合 多项式回归模型 酶活性预测实战task
Nick的博客
07-23 889
酶活性预测实战task： 基于T-R-train.csv数据，建立线性回归模型，计算其在T-R-test.csv数据上的r2分数，可视化模型预测结果 加入多项式特征（2次、5次），建立回归模型 计算多项式回归模型对测试数据进行预测的r2分数，判断哪个模型预测更准确 可视化多项式回归模型数据预测结果，判断哪个模型预测更准确 import pandas as pd import numpy as np data_train = pd.read_csv('T-R-train.csv') data_train
【数据竞赛】Kaggle时序建模案例：预测水资源可用性
fengdu78的博客
03-11 1340
Acea Smart Water Analytics您能否预测水资源未来的的可用性？每个数据集代表一种不同类型的水体。由于每个水体彼此不同，相关特征也不同。我们会注意到它的特征与湖泊的特征...
kaggle-酶稳定性预测
weixin_46713695的博客
11-01 247
1
kaggle-environments
05-15
pip install kaggle-environments TLDR； from kaggle_environments import make # Setup a tictactoe environment. env = make ( "tictactoe" ) # Basic agent which marks the first available cell. def my_...
kaggle-san-train-数据集
03-29
对于"kaggle-san-train-数据集"，我们可以基于其结构进行各种分析任务，如回归分析预测连续变量，分类问题预测离散变量，或者是聚类分析寻找数据的内在结构。此外，还可以利用特征工程优化特征，提升模型性能；使用...
kaggle-quora_insincere-data-数据集
03-30
标题 "kaggle-quora_insincere-data-数据集" 提供了我们即将探讨的核心内容：这是一个源自Kaggle竞赛的数据集，与Quora平台上的不真诚问题有关。Quora是一个用户可以提问、回答和投票的在线知识分享社区。有时，用户...
初入Kaggle之数据集的使用及预测结果生成
qq_43765576的博客
11-07 4179
初入Kaggle之数据集的使用及预测结果生成
Kaggle竞赛入门教程之Kaggle简介（新手向）
热门推荐
大家好，我是Utanbo
12-18 5万+
Kaggle是全球最大的数据科学家汇聚的平台，机器学习高手云集，同时对萌新也很友好。Kaggle网址：https://www.kaggle.com/。本文介绍Kaggle竞赛的规则和官方网站的功能版块。
深度学习预测酶活性参数提升酶约束模型构建从头环境搭建
m0_54634272的博客
06-19 5001
这个模型不仅能够很好的预测整体数据集和测试数据集。更值得一提的是，即使对于测试数据集中那些蛋白或者底物没有出现在训练数据集中的数据，模型也有很好的预测能力。同时，这套深度学习模型也能够精准的预测酶的多功能性。除此以外，模型也能够捕捉酶的某些氨基酸突变所带来的酶活性的影响...............
语音学习Task1-理解CNN Baseline
MashalC的博客
04-13 421
一、学习赛题介绍 本次新人赛是Datawhale与天池联合发起的0基础入门系列赛事 —— 零基础入门语音识别之食物声音识别。赛题以语音识别为背景，要求选手使用给定的音频数据集进行建模，并完成食物声音识别任务。 数据集来自Kaggle的“Eating Sound Collection”（可商用），数据集中包含20种不同食物的咀嚼声音，赛题任务是给这些声音数据建模，准确分类。 二、运行环境 本次学习我使用的是天池实验室关联的DSW平台。进入比赛页面在导航栏找到使用天池打比赛一栏即可。页面中会详细介绍DSW平
3DCNN,3D卷积神经网络,动作识别
weixin_45164735的博客
01-28 6847
为了学习3d卷积，看了一篇相关的论文，参考博客论文复现将论文和代码理解一遍。源代码没有注释，在这篇文章中我按照自己的理解写好重要地方的注释，数据集请进入博客中获取，博主贴了数据的百度网盘 一、在这份代码中首先处理视频数据。 1、 videoto3d.py import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import cv2 class Videoto3D: def __init__(self, width, height, depth):
每天五分钟玩转深度学习PyTorch：获取神经网络模型的子网络模型
huanfeng_AI的博客
09-09 363
本文主要为第二步（模型搭建）和第六步（优化器）服务，因为子网络是网络模型的一部分，我们如何获取自网络，需要了解网络的模型结构，然后再优化器部分我们需要获取指定网络模型部分的模型参数，所以本节课程很重要。
机器学习与深度学习的区别
最新发布
警警的博客
09-14 1088
机器学习与深度学习
机器学习和深度学习的区别
jun778895的博客
09-10 855
机器学习：是人工智能的一个分支，它让计算机能够在没有明确编程的情况下，通过观察和分析大量数据来学习并做出预测或决策。机器学习起源于20世纪50年代，随着算法的不断发展，逐渐形成了多种经典算法，如决策树、支持向量机、随机森林等。深度学习：则是机器学习的一个子领域，它主要依赖于深度神经网络模型进行学习和预测。深度学习在21世纪初开始兴起，特别是随着计算能力的提升和大数据的普及，深度学习算法得以广泛应用，并取得了显著成效。
如何理解深度学习的训练过程
qq_61033357的博客
09-11 397
这是模型在训练过程中通过数据自动学习的参数，主要是卷积层的权重和偏置。比如卷积核内部的权重（Conv2d中的weights和bias）会随着训练数据的输入和误差的反馈不断更新。以yolov5为例子，训练的目的是把一组输入猫狗图像放到神经网络中，得到一个输出模型，这个模型下次可以直接用来识别哪个是猫，哪个是狗。这些参数是在反向传播过程中由优化器（如Adam、SGD等）自动调整的，目的是使模型更好地拟合训练数据。步长（stride）：决定卷积操作在输入特征图上的移动幅度，影响输出的特征图大小。
kaggle房价预测-回归模型
08-12
回答: 在kaggle房价预测的回归模型中，使用了Lasso回归模型进行预测。代码中首先使用了Lasso(alpha=0.0001)进行模型的训练，然后对测试集进行预测得到了lasso_predict。接着使用了np.expm1函数对预测结果进行了反向转换得到了y_lasso。这样可以使线性回归模型更符合要求。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [kaggle房价预测-回归模型](https://blog.csdn.net/isla77/article/details/125900871)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值