本地版BLAST使用

@ZyuanZhang

已于 2022-07-26 11:26:16 修改

阅读量1.1k

点赞数

分类专栏：生信文章标签： blast

于 2021-12-03 21:45:44 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44065416/article/details/121176311

版权

生信专栏收录该内容

10 篇文章 3 订阅

订阅专栏

本地版BLAST使用过程记录

Blast的作用：简言之，Blast根据序列比对来寻找在序列上相似性较高的序列。
使用过程分为3步：

1. 下载本地版BLAST

可以从NCBI中下载：(我自己用的是2.7.1版本)
URL = " https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download "

2. 建库

利用建库文件database进行建库：
核酸
/Users/Documents/blast/ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeblastdb -in /Users/Documents/blast/blastdatabase/database -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl
蛋白
/Users/Documents/blast/ncbi-blast-2.7.1+/bin/makeblastdb -in /Users/Documents/blast/blastdatabase/database -parse_seqids -hash_index -dbtype prot

3. Blast比对

将所用到的所有核酸或蛋白序列放到一个文件中(test.fasta)。
设置输出格式：
核酸
/Users/Documents/blast/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastn -db /Users/Documents/blast/blastdatabase/database -query test.fasta -out output -evalue 1e-5 -max_target_seqs 1000000 -num_threads 4 -outfmt "7 qacc sacc score evalue pident qcovs ppos"
蛋白
/Users/Documents/blast/ncbi-blast-2.7.1+/bin/blastp -db /Users/Documents/blast/blastdatabase/database -query test.fasta -out output -evalue 1e-5 -max_target_seqs 1000000 -num_threads 4 -outfmt "7 qacc sacc score evalue pident qcovs ppos"