富集分析——疾病与基因 DOSE包使用

DOSE包（Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis ）实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种度量DO语义相似度的方法和用于富集分析的超几何检验

1. 查询两个基因簇之间的语义相似性
clusterSim(cluster1, cluster2, measure = “Wang”, combine = “BMA”)

Examples
cluster1 <- c(“835”, “5261”,“241”, “994”)
cluster2 <- c(“307”, “308”, “317”, “321”, “506”, “540”, “378”, “388”, “396”)
clusterSim(cluster1, cluster2)
2.类（compareClusterResult）表示特定级别的GO类别或GO富集分析对基因簇的比较结果。
比较聚类结果聚类比较组G0、富G0和富KEGG的基因Funone的结果基因Clustersa列表符号关键字类型基因ID类型在符号中是否有基因ID的可读的遗传标志
3. 计算信息内容
computeIC(ont = “DO”, organism = “human”)

4. 测量两个DO术语向量之间的相似性
doSim(DOID1, DOID2, measure = “Wang”)

5. 在给定基因载体的情况下，此函数将返回具有FDR控制的丰富NCG类别
enrichDGN( gene,
pvalueCutoff = 0.05,
pAdjustMethod = “BH”,
universe,
minGSSize = 10,
maxGSSize = 500,
qvalueCutoff = 0.2,
readable = FALSE )
…省略
原文链接：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DOSE.html