ChimeraX使用教程-安装及基本操作

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于 2023-12-20 13:51:35 首次发布
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ChimeraX使用教程-安装及基本操作

1、访问https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/download.html进行下载，然后安装
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述安装完成后，显示界面
在这里插入图片描述

2、基本操作

1、点击file，导入 .PDB 文件。

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

（注：在 alphafold在线预测蛋白====》点击传送门：link
结束后我们会得到一个 .zip 格式的压缩包，解压缩打开后主要有 .JSON 、 .PDB 、.PNG 和文本文档类格式文件，我们需要的是 .PDB 文件，这里面存放着我们预测的蛋白结构结果。）

2、点击file，导入 .PDB 文件。

打开所有 .PNG 格式文件如下图，每一张图都是对我们预测的蛋白模型的精准度反映。我们主要看图⑤，可以清楚的看到蛋白不同区段的预测精准度，峰值越高则越精准，通过该图我们选择预测结果最精准的PDB文件进行可视化，在此选rank1用于后续的分析。

在这里插入图片描述

3、蛋白互作界面分析：

详细参考这位作者的详细文章，====》点击传送门：link

参考：

超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（上）：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617074237
超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（中）: 蛋白结构美化篇：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/617939430

超实用！用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化（下）: 蛋白互作界面分析：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/633813760

ChimeraX：分子图形程序UCSF ChimeraX的源代码
02-26
UCSF ChimeraX分子可视化 是一种用于可视化和分析分子结构（例如蛋白质，RNA，DNA，脂质以及基因序列），电子显微镜图，X射线图，3D光学显微镜和3D医学成像扫描的应用程序。 它是计划的后继者。 和显示了其一些功能，显示了示例命令和Python API的用法。 平台类 ChimeraX可在Windows，macOS和Linux上运行，并且免费供学术和政府使用（）。 商业用途需要支持软件开发的。 它大约是80％的Python 3代码和20％的C ++代码。 C ++用于速度至关重要的部分。 它使用Qt窗口工具包。 安装ChimeraX 可以从ChimeraX上获得适用于Windows，macOS和Linux操作系统的每晚生成和半年发行版。 开发插件 介绍了可用的Python API。 ChimeraX插件称为捆绑软件，可以包括读取新文件格式，添加命令，为新分析工具添加GUI界
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本文是关于UCSF Chimera和ChimeraX的介绍以及安装。
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　　 　　UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。 UCSF Chimera官网：http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/点击打开链接 Chimera安...
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ChimeraOS 安装与使用教程 chimeraosA Steam Big Picture based couch gaming OS项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/chimeraos 1. 项目目录结构及介绍 ChimeraOS 的源代码仓库通常包含了多个子目录，这些子目录各自负责不同的功能。一个典型的项目目录结构可能如下所示： . ├── ap...
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08-27
chimera 说明书 使用教程 英文 描述很详细 好用
UCSFChimera(分子结构可视化软件)V1.13.1英文免费安装版
08-03
UCSF Chimera是一款专门用于分子结构模拟的工具，软件支持分子结构和相关数据的交互可视化分析，分析数据包括密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果等，可以生成图像和动画，需要的朋友可以前来本站下载。 windows版：UCSF Chimera(分子结构可视化软件)V1.13.1 英文免费安装版 Mac版：UCSF Chimera(分子结构可视化软件)for Mac V1.13.1 苹果电
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01-27
Chiera Tool 用于主流 操作系统 的权限破*解以及固件下载
exampleChimeraXpython
04-03
该python脚本示例脚本将在外部控制，打开和运行ChimeraX。 绿色荧光蛋白文件将打开，并通过每种氨基酸的溶剂暴露属性进行着色。 从终端/ CMD提示符运行 / my / path / to / ucsf-chimerax / bin / ChimeraX color_by_attr_chimerax.py 可能看起来像这样$ / usr / lib / ucsf-chimerax / bin / ChimeraX color_by_attr_chimerax.py 注意：在Windows中，将回购的内容放在ChimeraX的bin文件夹中，然后打开一个cmd提示符，然后键入“ ChimeraX color_by_attr_chimerax.py” 要更改文件，请打开并重写ChimeraXvis.ctl 注意：请确保.ctl文件中的'attr'与.dat文件作者Roches
ChimeraX-1.7.1.exe 支持Windows 10 和Windows11
03-03
UCSF ChimeraX**是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。 ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX的主要目标是处理大型分子结构的可视化和分析，尤其是那些在实验中难以观察或理解的复杂结构。 ChimeraX支持多种常见的分子文件格式，包括PDB、MRC、EMDB等。它可以加载和显示分子结构，并提供各种工具和功能来操纵和分析这些结构。用户可以通过旋转、平移和缩放来查看和操纵结构，也可以使用剖面图、表面网格、轮廓和草图等可视化效果来呈现结构的不同方面。此外，ChimeraX还提供了一系列的分析工具，如结构比对、密度图显示、电荷计算和互动式模型构建等。 ChimeraX还支持脚本编程，允许用户通过编写Python脚本来自动化任务和批量处理数据。这使得ChimeraX在高通量计算和大规模数据分析中特别有用
CryoEM - 使用 ChimeraX 工具 操作 冷冻电镜的 MRC 密度图(Density Map) 教程
AGI
02-16 3658
由冷冻电镜 CryoSparc 软件所生成的 Volume，需要观察其内部结构，建议使用 ChimeraX 进行操作。
ucsf-chimerax-1.7.1ubuntu22.04-amd64.deb Ubuntu22版本
03-03
UCSF ChimeraX**是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。 ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户...
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AGI
05-07 467
ChimeraX 软件是一款用于分子可视化和分析的先进工具，可以处理大型数据集，支持多种格式，提供丰富的功能和插件。ChimeraX 软件可以帮助科学家探索复杂的生物结构，如蛋白质、核酸、脂质和糖类，并进行交互式建模和仿真。ChimeraX 软件还可以制作高质量的图像和动画，以展示研究成果和发现。
AI4S - ChimeraX Morph 动态显示 PDB 坐标 模拟 MD 状态 教程
AGI
04-26 941
在 分子动力学(Molecular Dynamics，MD) 模拟时，多组蛋白质三维结构的坐标，存储至同一个 PDB 中，默认加载至 ChimeraX，直接，静态显示 多组坐标。
分子对接中的打分函数是什么？有哪些种类？分析优缺点？成本低初学者推荐（已经安装有autodock vina，软件是否自带打分函数呢，好用吗）？
最新发布
03-15
<think>好的，我现在要回答用户关于分子对接中打分函数的问题，特别是关于AutoDock Vina是否自带打分函数以及其易用性。首先，我需要明确用户的需求，他们可能是一个刚开始接触分子对接的初学者，希望了解打分函数的基本概念、种类和各自的优缺点，同时关注成本低和易用性。此外，用户明确提到了AutoDock Vina，所以需要详细说明Vina的相关功能。 首先，我需要回顾分子对接的基本概念，确保自己理解正确。分子对接是一种预测小分子（配体）与生物大分子（受体）如何结合的计算方法，广泛应用于药物发现。打分函数在这里的作用是评估和预测结合的亲和力，从而筛选出可能的候选化合物。 接下来，关于打分函数的种类，我需要区分不同的类型，比如基于力场的、经验性的、基于知识的以及机器学习驱动的。每种类型都有其优缺点，需要简明扼要地列举。例如，基于力场的函数计算精确但耗时，经验性的可能更快但依赖参数设置，基于知识的如DFIRE可能更适合特定情况，机器学习方法虽新但需要大量数据支持。 然后，针对AutoDock Vina，用户想知道它是否自带打分函数。根据之前的引用资料，Vina确实有自己的评分系统，结合了AutoDock 4.2和Vina的改进算法。需要详细说明其特点，比如快速性、准确性和处理大分子的能力，同时提到它的Python接口支持，这对自动化流程有帮助，可能提升易用性。 在易用性方面，Vina作为开源工具，安装和使用的门槛如何？是否有图形界面或需要命令行操作？对初学者来说，是否需要编程基础？可能需要提到其文档是否完善，社区支持如何，是否有教程或示例可供参考。此外，批量处理能力和水合对接协议也是其优势，这些都能提高使用效率，适合初学者快速上手。 关于成本，因为Vina是开源软件，自然成本低，适合预算有限的用户。但可能需要考虑计算资源的需求，比如是否需要高性能计算集群，或者普通电脑即可运行。这也是影响成本和易用性的因素。 另外，用户可能没有明确问但隐含的问题是，如何开始使用Vina，是否需要其他工具配合？比如预处理分子结构、准备输入文件等步骤是否复杂。如果有相关的工具或脚本推荐，可能会对用户有帮助。 最后，总结Vina的优缺点，指出其适合的应用场景，比如虚拟筛选、教学用途等，以及可能存在的局限性，如对非常复杂体系的处理可能需要更高级的工具。同时，可以推荐一些学习资源，比如官方文档、教程链接或社区论坛，帮助用户进一步学习。 需要确保回答结构清晰，分点说明，使用中文，避免专业术语过多，或适当解释术语。同时，检查是否所有数学公式都正确使用$...$或$$...$$格式，比如在提到能量计算时如果有公式，需要正确排版。引用资料中的内容要正确标注，比如引用[^1]的地方是否符合用户提供的引用内容。 现在，我需要将这些思路整理成一个连贯的回答，覆盖用户提到的所有问题点，并确保信息准确，引用正确，同时保持语言简洁易懂，适合初学者理解。</think>### 分子对接中的打分函数解析与AutoDock Vina应用指南 #### 一、打分函数的概念与作用 打分函数是分子对接中的核心组件，用于量化配体与受体结合模式的优劣。其核心目标是预测结合自由能（$\Delta G$），从而筛选出高亲和力的候选分子。 #### 二、打分函数的种类及优缺点 1. **基于力场的函数** - **原理**：基于分子力学（如范德华力、静电相互作用）。 - **优点**：物理意义明确，适合精细能量计算。 - **缺点**：计算量大，依赖参数化。 - **工具示例**：AutoDock 4.2。 2. **经验性函数** - **原理**：通过实验数据拟合结合自由能（如$E_{\text{score}} = a \cdot \text{H-bond} + b \cdot \text{VDW} + \cdots$）。 - **优点**：计算速度快，适合高通量筛选。 - **缺点**：泛化能力受训练数据限制。 - **工具示例**：AutoDock Vina。 3. **基于知识的函数** - **原理**：统计蛋白质-配体复合物结构中的相互作用频率（如DFIRE）。 - **优点**：无需参数优化，适用于多样本分析。 - **缺点**：对罕见结合模式预测较差。 4. **机器学习驱动函数** - **原理**：利用神经网络或随机森林预测结合亲和力。 - **优点**：可处理复杂非线性关系。 - **缺点**：依赖高质量数据集和算力。 #### 三、AutoDock Vina的打分函数与易用性 1. **是否自带打分函数？** **是的**。Vina采用改进的经验性打分函数，结合了AutoDock 4.2的能量项和梯度优化算法，公式为： $$\Delta G = w_{\text{VDW}} \cdot E_{\text{VDW}} + w_{\text{H-bond}} \cdot E_{\text{H-bond}} + \cdots$$ 其独特之处在于支持**宏观环状分子处理**和**水合对接协议**，提升了预测真实度。 2. **易用性分析** - **优点**： - **开箱即用**：提供预编译程序，支持Windows/Linux/macOS。 - **批量处理**：可一次性对接多个配体，适合虚拟筛选。 - **Python接口**：通过`vina`模块集成到脚本中（示例代码）： ```python from vina import Vina v = Vina() v.set_receptor("protein.pdbqt") v.set_ligand("ligand.pdbqt") v.dock() print(v.score()) ``` - **文档丰富**：官方教程和社区资源（如PyMOL插件）降低学习门槛。 - **缺点**： - **依赖预处理**：需使用AutoDock Tools生成PDBQT文件。 - **无图形界面**：初学者需熟悉命令行操作。 3. **成本与适用性** - **零成本**：Vina为开源软件（Apache 2.0协议）。 - **硬件要求**：普通台式机可运行，但大规模筛选需多核CPU支持。 - **初学推荐场景**：学术研究、小规模虚拟筛选、教学演示。 #### 四、总结与建议 - **Vina的定位**：适合**快速评估结合模式**和**中等精度需求**的项目，尤其推荐给预算有限且需平衡速度与精度的用户。 - **学习路径建议**： 1. 从官方Quick Start教程入门。 2. 使用PyMOL或ChimeraX可视化结果。 3. 结合Python脚本实现自动化（如批量处理配体）。
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