Linux安装chimera教程

下载

通过官网下载软件Download UCSF Chimera

下载之后得到后缀为.bin的文件 

 安装

1.通过chmod +x ***.bin 给我们下载的文件加入执行权限

NumnumM:~/project$ chmod +x chimera-1.16-linux_x86_64.bin

 2.安装(输入.bin文件的所在路径:./***/***.bin直接进行安装)

NumnumM:~/project$ ./chimera-1.16-linux_x86_64.bin

3.设置安装路径,这里默认给出的路径为:~/.local/UCSF-Chimera64-1.16 根据个人需求对路径可以进行更改

UnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP (Zip-Bugs@lists.wku.edu).
Original path: '/home/NumnumM/project'
  inflating: chimera_install_nPgkAF/installer
  inflating: chimera_install_nPgkAF/chimera.bin

Enter install location: ~/.local/UCSF-Chimera64-1.16

 4.接下来就一路回车就可以完成安装了

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结构比对和分析工具PyMOL、Chimera和VMD可以用于研究酶的遗传性。下面是使用这些工具进行酶遗传性分析的具体方法: 1. PyMOL:PyMOL是一款用于分子可视化和结构分析的软件,常用于酶结构的可视化和比对。使用PyMOL进行酶遗传性分析的步骤如下: - 导入酶结构文件:将野生型酶和突变型酶的结构文件导入到PyMOL中。 - 比对结构:使用PyMOL的比对工具,比较野生型和突变型酶的结构差异。可以通过超出距离、二级结构、残基对齐等方式进行比对。 - 分析结构差异:使用PyMOL的分析工具,如氢键分析、残基相互作用网络等,分析野生型和突变型酶的结构差异,揭示突变对酶遗传性的影响。 2. ChimeraChimera是一款用于生物分子三维可视化和分析的软件,可以用于酶遗传性研究。使用Chimera进行酶遗传性分析的步骤如下: - 导入酶结构文件:将野生型酶和突变型酶的结构文件导入到Chimera中。 - 比对结构:使用Chimera的比对工具,比较野生型和突变型酶的结构差异。可以进行全局比对、局部比对等。 - 分析结构差异:使用Chimera的分析工具,如氢键分析、表面电荷分析等,分析野生型和突变型酶的结构差异,揭示突变对酶遗传性的影响。 3. VMD:VMD是一款用于生物大分子模拟和可视化的软件,也可用于酶遗传性研究。使用VMD进行酶遗传性分析的步骤如下: - 导入酶结构文件:将野生型酶和突变型酶的结构文件导入到VMD中。 - 比对结构:使用VMD的比对工具,比较野生型和突变型酶的结构差异。可以进行全局比对、局部比对等。 - 分析结构差异:使用VMD的分析工具,如动态模拟、能量计算等,分析野生型和突变型酶的结构差异,揭示突变对酶遗传性的影响。 这些工具提供了丰富的功能,可以用于可视化酶结构、比对结构差异以及分析酶遗传性。具体的使用方法可以参考各个工具的官方文档和教程

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