UMAP可视化

最新推荐文章于 2024-05-13 10:16:22 发布

kylin王国

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分类专栏： R语言数据可视化数据分析文章标签：开发语言 r语言数据分析开源软件

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set.seed(400)
iris_sumap <- uwot::umap(iris, n_neighbors = 15, min_dist = 0.001,
                         y = iris$Species, target_weight = 0.5)
iris_sumap_res <- data.frame(iris_sumap,Species=iris$Species)
head(iris_sumap_res)

# plot --------------------------------------------------------------------

library(ggplot2)

ggplot(iris_sumap_res,aes(X1,X2,color=Species)) + 
  geom_point() + theme_bw() + 
  geom_hline(yintercept = 0,lty=2,col="grey",lwd=1) + 
  geom_vline(xintercept = 0,lty=2,col="grey",lwd=1) +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) + 
  labs(x="UMAP 1",y="UMAP 2",col = '')+
  theme(legend.background = element_rect(color=NA,
                                         fill=NA),
        legend.position = c(0, 1.03),
        legend.justification = c(0, 1))