异源多倍体搜索同源基因对

脚本内容如下：

#!/usr/bin/env perl

die "perl $0 blast1 blast2 >besthit.blast \n" unless @ARGV==2;

my $in1 = shift;

my $in2 = shift;

my %h1 = readIN($in1);

my %h2 = readIN($in2);

foreach my $id (sort keys %h1){

        my $id2 = $h1{$id}[0];

        if(exists $h2{$id2} && $h2{$id2}[0] eq $id){

                print "$h1{$id}[1]\n";

        }

}

sub readIN{

        my $in = shift;

        my %hash;

        open IN, $in ||die $!;

        while(<IN>){

                chomp;

                my @t = split;

                if(!exists $hash{$t[0]}){

                        $hash{$t[0]}[0]=$t[1];

                        $hash{$t[0]}[1]=$_;

                }

        }

        close IN;

        return %hash;

}

执行perl脚本

perl 自己命名的脚本名字 blast1 blast2 > ty

其中blast1为A序列与B序列进行比对。

blast2为B序列与A序列进行比对。