Miniconda虚拟环境下的Biopython安装（用jupyter notebook 编辑）

showro_isme

已于 2022-12-09 15:11:34 修改

阅读量371

点赞数 1

分类专栏： Bi Biopython 文章标签： python jupyter

于 2022-12-07 04:58:26 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_48406854/article/details/128116396

版权

本文档介绍了如何在Miniconda的虚拟环境tf2中安装Biopython以及解决在Jupyter Notebook中导入Biopython时遇到的问题。通过创建新的虚拟环境mytf2，并设置正确的内核，成功解决了找不到模块的问题。在解决过程中，遇到了ipykernel安装问题，最终通过删除并重新创建虚拟环境来解决。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1-已有环境：Miniconda创建的虚拟环境tf2,并且在tf2中安装了jupyter notebook等包

参考链接

2-Biopython -安装

cmd中、在虚拟环境tf2下直接pip install

pip install biopython

在这里插入图片描述
安装完以后，在cmd界面中，python里: import Bio,其各个子块都可以使用。但是在jupyter notebook里编辑却 not find module XXX。

3-Jupyter notebook 报错找不到biopython

jupyter找不到 biopython，可以用ipykernel 创建内核

#先用conda list 看下有没有已经安装了ipykernel 
conda list
#如果没有安装，可以安装下 
pip intall ipykern

最低0.47元/天解锁文章

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

showro_isme

关注关注

1
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

专栏目录

政安晨——基于Ubuntu系统的Miniconda安装TensorFlow并使用Jupyter Notebook在多个Conda虚拟环境下管理测试

政安晨——致力于AI人工智能数字互动领域

01-30

1261

为什么还要在Ubuntu的笔记本电脑上安装TensorFlow呢（CPU版本的）？（1）基本的工具能力的熟悉、学习、练习可很方便，随时打开就可以用，比如Jupyter Notebook等等; （2）可以处理3阶张量的简单数据，尤其是与TensorFlow Lite等边缘计算（TinyML）结合的应用，在这个领域中也是有很多产业机会的。所以咱们基于Ubuntu系统的Miniconda安装TensorFlow还是有意义。

【miniconda+jupyter环境安装】

zyuPp的博客

11-09

574

网址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html。在新创建的环境中激活jupyter环境，将conda虚拟环境写入jupyter的kernel中。去掉前面的#号，补充你的路径到引号里面，注意：使用斜杠写路径哦！例子：D:/jp/folder。运行下载安装，安装文件夹要英文名。打开终端：win+R==>cmd。创建jupyter环境并且激活。创建conda环境并且激活。这样就可以自由切换环境了~会弹出来一个路径，就打开它。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

怎么使用biopython_BioPython的安装和使用

weixin_28932089的博客

02-12

2535

BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包，里面包含了很多的工具，可以用来直接读取fasta格式。安装可以通过两种方式，pip方式：1. pip 方式pip3 install biopython打开python终端，>>> import Bio>>> from Bio import SeqIO报错：---------------------...

biopython安装_BioPython的安装和使用

weixin_39972567的博客

12-04

2000

Biopython 安装

qq_42194101的博客

03-14

1998

本节解释了如何在你的机器上安装Biopython。它的安装非常简单，不会超过5分钟。

python下如何安装biopython

weixin_30502965的博客

11-29

1538

本来是自学python，后来又了解到有biopython这个包，将想安装下来，结果折腾了我一上午。。。终于安装成了，哈哈哈，功夫不负有心啊过程如下： 1、首先去http://biopython.org/wiki/Download现在一个biopython 　　因为我用的是win7，所以一开始我下载的是biopython-1.68.win32-py3.5.exe2Mb – 32 bit ...

安装生物信息学软件-Biopython

陆沙的博客

10-23

240

其实好多东西装过好多次，然而每次都要翻文档，经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南，以防下次再装又忘了（魂淡我并不想再装了啊不要立flag） 1. 安装biopython 1.1 因为biopython目前支持的是python2，所以我先把python调到2 1.2 安装numpy (http://www.numpy.org/) NumPy is the fund...

2020-10-18

Quantum_Dog的博客

10-18

412

CentOS Linux 8下安装和卸载google chrome浏览器一、安装和卸载google chrome浏览器方法1:（建议用方法1，超级方便。）在root用户下输入如下命令就可以安装最新的 Google Chrome: yum install https://dl.google.com/linux/direct/google-chrome-stable_current_x86_64.rpm 这个下载的地址是怎么来的呢？有两个来源：第一种点击跳转（但第一种方法有时不管用，例如下载chr

如何在Jupyter Notebook切换conda虚拟环境

01-21

首先激活添加入的conda环境 Linux&mac环境： ...我们已经在创造的环境中安装了ipykernel了，所以，我们直接在环境里执行下面的代码来手动添加kernel进jupyter notebook。 python -m ipykernel install --u

biopython-冠状病毒：Biopython Jupyter Notebook教程，描述小基因组

02-04

biopython-冠状病毒：Biopython Jupyter Notebook教程，描述小基因组

05-15

07-19

python创建虚拟环境并安装使用jupyter notebook

12-21

本文将详细介绍如何在Windows系统上通过原生Python创建虚拟环境，并在其中安装和使用Jupyter Notebook。首先，我们需要从Python官方网站下载最新版本的Python安装程序，并将其安装在D盘（或其他您选择的目录），...

BioPython安装与入门

热门推荐

DrugAI

08-31

3万+

BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或者FORTRAN编写的模块实现扩展。 Biopython官网(http://www.biopython.o...

biopython：1：biopython的安装

genome_denovo的博客

03-04

8639

第一章：biopython 第一节：biopython的安装 1，方法来源 biopython的方法来源：http://biopyhton.org/wiki/Biopython （biopython官网）文件教程：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf Get help Tutorial（PDF） 2，不同平台的安...

Ubuntu中安装Biopython

XIUXIU179的博客

04-22

2101

Biopython 是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了。在Linux中安装有多种方法，以Ubuntu(10.04)为例：方法一：使用apt-get install方式安装 sudo ap...

BioPython的安装和使用

XH生信和机器学习空间

01-21

4914

BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包，里面包含了很多的工具，可以用来直接读取fasta格式。安装可以通过两种方式，pip方式： 1. pip 方式 pip3 install biopython 打开python终端， >>> import Bio >>> from Bio import SeqIO 报错： ------------...

python2安装biopython

dacming的博客

09-14

1282

提示biopython不支持python2.7。安装python3-biopython。安装biopython。

conda虚拟环境有jupyter notebook没有jupyterlab

Miniconda虚拟环境下的Biopython安装（用jupyter notebook 编辑）

1-已有环境：Miniconda创建的虚拟环境tf2,并且在tf2中安装了jupyter notebook等包

2-Biopython -安装

3-Jupyter notebook 报错 找不到biopython

3-Jupyter notebook 报错找不到biopython