生信入门——分子连接（入门篇：从下载到实践）

实验室师姐需要我用autodock画个图。

一、软件下载

小白从0开始了，第一步，装软件，找到一个很全的链接，下载必备的软件。

分子对接教程 | (1) 软件安装准备wTCGA | GEO | 文献阅读 | 数据库 | 理论知识R语言 | Bioconductor | 服务器https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA4NDAzODkzMA%3D%3D&chksm=841edf5cb369564adc0f0acdfd16e30b629d9f84dfe58a082db0b93b387ea0d11a9b60862182&idx=1&mid=2651274017&scene=21&sn=11145a8ad1e75161ab3e5c6754cd3aec#wechat_redirect

这篇得精读，下载完成之后，开始准备材料。

二、搜索需要的蛋白质

大分子蛋白质结构下载网址：（建议下载pdb格式）

RCSB PDBhttps://www.rcsb.org/search?request=%7B%22query%22%3A%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22group%22%2C%22nodes%22%3A%5B%7B%22type%22%3A%22terminal%22%2C%22service%22%3A%22full_text%22%2C%22parameters%22%3A%7B%22value%22%3A%22Ginsenoside%20Rb1%22%7D%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%2C%22label%22%3A%22full_text%22%7D%5D%2C%22logical_operator%22%3A%22and%22%7D%2C%22return_type%22%3A%22entry%22%2C%22request_options%22%3A%7B%22paginate%22%3A%7B%22start%22%3A0%2C%22rows%22%3A25%7D%2C%22scoring_strategy%22%3A%22combined%22%2C%22sort%22%3A%5B%7B%22sort_by%22%3A%22score%22%2C%22direction%22%3A%22desc%22%7D%5D%7D%2C%22request_info%22%3A%7B%22query_id%22%3A%227dacfda1ac8f8d70b8759ef2994f0152%22%7D%7D

小分子结构的pdb格式：

可用网站1：

LZ5856000 | C54H92O23 | ChemSpiderStructure, properties, spectra, suppliers and links for: LZ5856000, 41753-43-9.http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.8073937.html?rid=bd0feb61-6110-4ee0-98ff-01d8661c74ff

可用网站2：

Ginsenoside rb1 | C54H92O23 - PubChemhttps://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/9898279朋友们，用网站2下载下来的sdf格式需要再进行转化，转成pdb格式，转化用的到软件是OpenBabel，下载和使用参考下面两个视频：

下载：【[OpenBabel]文件格式转换软件，分子对接常用-哔哩哔哩】 https://b23.tv/91wlAtB

使用：【会啥_openbabel_4_1_图形界面基本操作与输入操作-哔哩哔哩】 https://b23.tv/EDvCw2K

三、开始进行分子链接

学习必备参考视频：

【Autodock分子对接完整步骤（含对官方文件解读）-哔哩哔哩】 https://b23.tv/MVkWqHR

有啥问题可以留言问我，我还没整出东西来，整完再跟大家分享。