CADD课程学习（9）-- 不同类型分子结构转换(Open Babel)

最新推荐文章于 2023-01-05 17:01:18 发布
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分类专栏： DrugAi 文章标签： 学习
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CADD课程学习（9）-- 不同类型分子结构转换(Open Babel)

Open Babel：各种化学结构类型转换 http://openbabel.org/wiki/Main_Page
Open Babel是一款开源自由软件，使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式，非常方便的进行各种类型的化学结构文件进行相互转换。

OpenBabel 格式


蛋白结构pdb转换为pdbt

小分子cdx转换为sdf

小分子smi转换为pdbt

发呆的比目鱼
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专栏目录
分子对接前准备（一）小分子mol文件下载及运用openbable格式转化
DaDaLiu18的博客
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sdf
orangeprince88的专栏
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dsf
将pdbqt文件转成SMILES文件
周迪新的博客
06-11 1169
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thanklife的专栏
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数据库课程设计--水电管理系统.doc
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数据库课程设计--水电管理系统 database系统设计是为了解决当前社会发展中的水电管理问题，旨在提供一个安全、合理的用电用水管理系统。该系统能够实时跟踪客户的用电和用水情况，实现计划用电、优化用电、加强有序...
文件格式转换 convert
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convert_批量转化分子格式的小程序
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Convert使用说明:可以批量转化各种格式的分子文件，像mol2,sdf,pdb等等。
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在三维建模章节，你将学习到如何构建复杂的三维实体模型，包括平面、曲面和实体的转换，以及如何使用视图控制来展示不同角度的设计效果。此外，还会探讨光照、材质和渲染设置，让你的设计作品更具视觉冲击力。 针对...
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pdb之间的相互转换
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CADD-splice
09-20
CADD-splice是一种用于预测剪接位点变异功能影响的计算方法。它基于人类剪接位点的序列特征和相关的剪接调控因子，通过计算变异位点的CADD（Combined Annotation Dependent Depletion）分数来评估其对剪接的影响。 CADD-splice考虑了多种剪接位点变异类型，包括splice_acceptor_variant（剪接受体位点突变）、splice_donor_variant（剪接给体位点突变）、splice_region_variant（剪接区域突变）等。它还考虑了一些其他与剪接相关的变异类型，例如start_lost（起始密码子丢失）、start_retained（起始密码子保留）、initiator_codon_variant（起始密码子突变）等。 CADD-splice还可以预测功能丧失（loss of function, LOF）和无义介导的降解事件（Nonsense mediated decay, NMD）标签。
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