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整体流程在这,其中有些细节以防忘记记录一下
一、配置环境
1. anaconda + pytorch1.5.1 + cuda10.1:
因为直接安装了python不想卸载了就没装anaconda,直接搜不用安装anaconda安装pytorch即可。在安装过程中其他博客都说还要装cudnn就也一起安了。
(124条消息) Pytorch环境配置——从零开始(不需要anaconda)_一只活蹦乱跳的大鲤鱼的博客-CSDN博客_pytorch配置
2.安装hiddenlayer
这里需要安装git
(124条消息) Git 详细安装教程(详解 Git 安装过程的每一个步骤)_mukes的博客-CSDN博客_git安装
安装完要进行环境配置
(124条消息) Git下载、安装与环境配置_糖葫芦的小黑屋的博客-CSDN博客_git环境配置
这一步会报错,我就直接pip install hiddenlayer
3.安装nnUNet
在D盘里直接新建一个文件夹命名为nnUNetFrame,然后在文件夹内cmd打开git clone https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.git。
这一步报错了,查了一下因为开了VPN端口被占用了,关了就行。
(124条消息) Git提示Connection was reset, errno 10054解决方法_天涯各一方&的博客-CSDN博客
然后cd nnUNet
再pip install -e .(这里有个空格和.)
二、数据集
在系统变量中加进去了
三、生成json文件
(124条消息) nnUNet生成自己数据集的dataset.json_为了待会去码头整点薯条的博客-CSDN博客_dataset.json
# 自行修改文件路径,当前在windows环境下操作
output_file = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head'
imagesTr_dir = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/imagesTr'
imagesTs_dir = r'D:/nnUNetFrame\DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/imagesTs'
labelsTr = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/labelsTr'
改成自己路径
json文件里修改table,训练集和标签一一对应。
四、转换数据集
nnUNet_convert_decathlon_task -i /home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task08_HepaticVessel
五、预处理
nnUNet_plan_and_preprocess -t 8
把8改成自己训练集号,这里为1。会出现内存不够的报错,numpy.core._exceptions._ArrayMemoryError然后更改了虚拟页面大小,减少数据集。
六、开始训练
nnUNet_train 3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4
这里注意训练集比标签少会报错