安装nnUNet

(124条消息) （四：2020.07.28）nnUNet最舒服的训练教程（让我的奶奶也会用nnUNet（上））（21.04.20更新）_花卷汤圆的博客-CSDN博客_nnunet训练

整体流程在这，其中有些细节以防忘记记录一下

一、配置环境

1. anaconda + pytorch1.5.1 + cuda10.1：

因为直接安装了python不想卸载了就没装anaconda，直接搜不用安装anaconda安装pytorch即可。在安装过程中其他博客都说还要装cudnn就也一起安了。

(124条消息) Pytorch环境配置——从零开始（不需要anaconda）_一只活蹦乱跳的大鲤鱼的博客-CSDN博客_pytorch配置

2.安装hiddenlayer

这里需要安装git

(124条消息) Git 详细安装教程（详解 Git 安装过程的每一个步骤）_mukes的博客-CSDN博客_git安装

安装完要进行环境配置

(124条消息) Git下载、安装与环境配置_糖葫芦的小黑屋的博客-CSDN博客_git环境配置

这一步会报错，我就直接pip install hiddenlayer

3.安装nnUNet

在D盘里直接新建一个文件夹命名为nnUNetFrame，然后在文件夹内cmd打开git clone https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.git。

这一步报错了，查了一下因为开了VPN端口被占用了，关了就行。

(124条消息) Git提示Connection was reset, errno 10054解决方法_天涯各一方&的博客-CSDN博客

 然后cd nnUNet
 再pip install -e .（这里有个空格和.）

二、数据集

在系统变量中加进去了

三、生成json文件

(124条消息) nnUNet生成自己数据集的dataset.json_为了待会去码头整点薯条的博客-CSDN博客_dataset.json

    # 自行修改文件路径，当前在windows环境下操作
    output_file = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head'
    imagesTr_dir = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/imagesTr'
    imagesTs_dir = r'D:/nnUNetFrame\DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/imagesTs'
    labelsTr = r'D:/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task01_Head/labelsTr'

改成自己路径

json文件里修改table，训练集和标签一一对应。

四、转换数据集

nnUNet_convert_decathlon_task -i /home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/nnUNet_raw_data/Task08_HepaticVessel

五、预处理

nnUNet_plan_and_preprocess -t 8

把8改成自己训练集号，这里为1。会出现内存不够的报错，numpy.core._exceptions._ArrayMemoryError然后更改了虚拟页面大小，减少数据集。

六、开始训练

nnUNet_train 3d_fullres nnUNetTrainerV2 8 4

这里注意训练集比标签少会报错