在KeyarchOS操作系统上安装运行Bowtie2(测序序列与参考序列比对)

1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接https://www.ieisystem.com/kos/product-kos-xq.thtml?id=12126。

Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具，适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。Bowtie2 支持间隔，局部和双端对齐模式。可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。详细介绍见官网链接https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml。

2 安装准备

2.1 操作系统环境

版本信息：KeyarchOS 5.8sp1

硬件平台：X86_64

2.2 Bowtie2版本

Bowtie2-2.3.4.1

https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml

厂商名称：Johns Hopkins University

3 安装

3.1 安装Python

python3.8(已经在KOS AppSteam仓库发布)，可以通过yum install直接安装。

yum install python38

安装完成后添加python3-python的软连接：

ln -s /usr/bin/python3 /usr/bin/python

3.2 安装Bowtie2

1、下载安装包

sudo wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip

解压后进入安装目录

unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip

2、进入解压文件夹，测试bowtie2是否安装成功：

cd bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/

./bowtie2

3.3 配置Bowtie2

在bashrc配置文件中配置bowtie2相关指令：

vim ～/.bashrc

---

source ～/.bashrc使配置文件即刻生效

配置生效后，在任何路径下都可启动bowtie2：

4 运行Bowtie2

4.1 构建参考基因组索引

1、下载索引文件

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz

2、解压索引文件

tar -zxvf chromFa.tar.gz

3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10：

cat *.fa > mm10.fa

bowtie2-build mm10.fa mm10

4.2 单末端测序

使用单末端测序示例文件reads_1.fq，生成example.sam：

bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -U /home/zhu/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/example/reads/reads_1.fq -S example.sam