用 Wolfram 语言绘制电子轨道

最新推荐文章于 2024-07-26 13:24:37 发布

sunny-墨光

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分类专栏： Mathematica 文章标签：人工智能开发语言 wolfram 算法图像处理

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_50103608/article/details/122131014

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化学研究中可能经常需要绘制电子轨道，来描述原子或分子中电子的波函数。通常，它们是通过电子结构软件（如高斯程序 Gaussian）以多维数据集文件（Cube 文件）形式输出的。这些文件包含三维网格中给定轨道的体数据。

实现多维数据集文件可视化的应用程序有很多（如 VMD 或 GaussView），但我在这里想利用 Mathematica 的功能来轻松地合并图形, 以及使用它的过程自动化能力来高效地创建动画中的帧。

首先，我们需要一个从多维数据集文件中提取数据的函数。在这个过程中, 我们将创建一个 XYZ 文件的文本，这个格式也是由高斯开发的。函数 OutForm 用于模拟其他编程语言中的 printf 函数。

 OutForm[num_?NumericQ, width_Integer, ndig_Integer,
    OptionsPattern[]] :=
   Module[{mant, exp, val},
    {mant, exp} = MantissaExponent[num];
    mant = ToString[NumberForm[mant, {ndig, ndig}]];
    exp = If[Sign[exp] == -1, "-", "+"] <> IntegerString[exp, 10, 2];
    val = mant <> "E" <> exp;
    StringJoin@PadLeft[Characters[val], width, " "]
    ];ReadCube[cubeFileName_?StringQ] := Module[
   {moltxt, nAtoms, lowerCorner, nx, ny, nz, xstep, ystep, zstep