Error in file(file, “rt“) : cannot open the connection——R语言

Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection——R语言

在本地clump教程中已经有解决此报错的经验，不过我在使用过程中出现了教程解决不了的同样的报错
似乎，这个报错不能提示特定的错误，只要clump这一步因为任何原因没有结果，都会报 Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection。

情况一：

您可能想不到，这个报错是通过删空气解决的

最近clump大军卷的太厉害了，总是502、503报错，大家都挤公交，结果都挤不上去。所以只能转战本地clump。本地clump比在线的少。不过总比clump不上等于0要强吧。

本地clump教程

在试运行2个小文件的时候，根据大佬的教程，已经运行成功，但是果果然然遇到了 Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection 报错。

燃鹅根据大佬的教程添加线程参数没能解决问题。想着可能是添加线程的前一步我没有做到。问题是前一步咋做到我也不知道呀。

没办法只能单独测试文件，一步步排查。发现在clump之前的一步，也就是读取暴露的时候，是能读取的。

但是读完暴露，注意 clump NA

检查读入的暴露数据，多了一行就是NA。

这是因为，在Excel中复制粘贴数据时，可能会复制到一些空白的行。这在表格上与其他没有数据的表格一样都是空白，是看不出区别的。另存为CSV的时候，可以在Windows预览界面看到，，，，

Windows预览窗口能看到CSV最后一行有一堆，，，，，

而打开表格看到的只有空白，很难想到这里边是填充得有NA的。
也就是说，虽然没有值，但是CSV文件给你留了位置，被R识别为NA。导致文件读不了报错。

解决办法，删掉空的那两行。虽然打开表格，什么实在的东西都看不到，但操作还是要有的。保存关闭CSV后，在Windows预览窗口就能看到，，，，消失了。

再次运行脚本就跑通了。

曾经我不喜欢CSV格式，因为在 terminal 预览的时候会挤成一坨，看着费眼，tsv 格式能把一列列分开，看起来清爽多了。这次报错，发现CSV格式还能有这功能！Windows预览窗口还能这么使呢。。。-_-!!!

想起来一个梗：我的心为你打开了大门，结果你翻窗户进来了。。。

情况二：

一部分数据跑通了，证明不是代码的问题，但是有一部分数据没跑通。删空气不能解决问题。
经检查发现，参考面板里没有我要查的SNP。导致clump没有结果。继而出现该类报错。

解决方案：不要那个表型，或者网上手动 clumping——这是一条艰苦卓绝的路，又不是没有其他SNP了，何必呢！