孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑

孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑

此次研究，我用的前人研究的数据，为Excel。（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）

• 第一步，对别人的综合大表进行拆分

• 第二部，将Excel另存csv，听起来似乎没什么大毛病哈

一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。

努力寻找原因：

首先，F值的算法如下
$$Fstatistic=(\frac{(N-K-1)}{K})(\frac{R^2}{1-R^2})$$
不同的SNP的F值是否应该一样？

公式中，一项研究确定了入组SNP后，N和K就是已知常量了。那么公式中的未知的就是$R^2$,

$$R^2=2\times (1-MAF)\times MAF\times \frac{\beta }{SD}$$

MAF由EAF算得。那么每个SNP的EAF、β、SD都不一样。对应的F值怎么会一样呢？！

数据读取是自动化操作的，没有人为干预过程

那么，问题就出在源头数据上。

源数据是从前人研究中找来的，也不会有问题。那么问题就在于整理数据上。

排查了整整两天。

发现Excel中数值列的格式为“常规”。虽然在Excel表中显示的时候表面上看起来还是一个正常的数字。但是在转换为CSV时出现了数据丢失，变成了0

于是重新整理重新算。正确结果就算出来了。

真是有一种经过惊涛骇浪不死，阴沟里翻船的感觉。。。