Server code: 502——TwoSampleMR 孟德尔随机化clumping陷阱

Server code: 502 孟德尔随机化clumping陷阱

最近服务器502/503报错应该折磨了不少人。

然鹅陷阱还在后头呢
这个结果提示，134个SNP因为连锁不平衡，去除134个SNP。

乍一看，它已经完成了clumping的使命。刚开始也没仔细核对。直到我用了不同的r2，居然阈值严格的都能有结果返回，阈值宽松的反而没有了。

反复跑了两三遍，随后出现
这个结果提示，134个SNP因为连锁不平衡，去除127个SNP。这是没有502/503的时候。

这是具有统治地位的观点：只要不是error，run就行。

回顾了一下这个问题，的确不归error管：

Failed to retrieve results from server. See error status message in the returned object and contact the developers if the problem persists.
Removing 134 of 134 variants due to LD with other variants or absence from LD reference panel
从服务器检索结果失败。请参阅返回对象中的错误状态信息，如果问题仍然存在，请联系开发人员。
删除134个变量中的134个，因为与其他变量有LD或没有LD参考面板

划重点：或！没有LD参考面板！！！

吃一堑长一智：

1. 遭遇502/503的时候，注意看一下，有没有retry succeed
2. 运算结束要check，如果严格的阈值都能clump到，宽松的阈值反而不能，要思考为什么
3. 实在不知道，多试几次，看看console给的提示是否不一样。
4. 有时候warning也不可忽视——无形ZB，最为致命。