cellulose-builder建立纤维素模型

Cellulose-builder 是一个用户友好的程序，可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标，适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建，包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。

参考文献：Cellulose-Builder: A toolkit for building crystalline structures of cellulose

cellulose-builder code下载链接：https://download.csdn.net/download/weixin_51982763/87371405?spm=1001.2014.3001.5501

使用方法

程序主体是shell脚本，linux下可以直接运行，Windows下自行安装git。

先cd到cellulose-builder主文件夹。cellulose-builder支持下列命令：

./cellulose-builder.sh <integer> <integer> <integer>
./cellulose-builder.sh fibril <integer>
./cellulose-builder.sh origin|center|monolayer <integer> <integer>

• 第一组产生的晶体我们从现在开始表示为平行六面体晶体。用户必须提供三个整数。它们代表每个晶体方向上晶胞复制的数量，因此晶体尺寸由用户明确设置。前两个整数必须大于一，而最后一个整数必须大于零。

• 第二组构建 36 链原纤维。必须提供字符串fibril作为第一个参数，同时提供一个大于零的整数作为第二个参数，它代表每个纤维素链中纤维二糖残基的数量。因此，所得原纤维的聚合度可以由用户通过命令行直接控制。

• 第三组提供特定纤维素链类型的单层。用户必须键入origin,center或monolayer作为第一个参数，后跟两个大于一的整数。这些整数分别代表单层中包含的纤维素链数和每条链中的纤维二糖残基数。

随便试下./cellulose-builder.sh fibril 5命令，结果如下。

报错缺少几个程序。自行安装后添加到环境变量就可以了。这里有一个卡了我很久的坑。

将octave的主程序添加环境变量后仍会报找不到octave。这里需要将安装后的程序名由原本的octave-cli.exe改成octave.exe.

重新执行程序

./cellulose-builder.sh fibril 5

在当前目录会生成一个.pbd结尾的文件夹，里面为重复单元数为5的纤维素结构。