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磁共振数据处理笔记
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磁共振数据处理笔记记录
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长腿猴子请来的救兵
这个作者很懒,什么都没留下…
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利用gretna计算小世界网络属性等图论指标笔记
提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言总结前言gretna是一个基于图论进行脑网络分析(包括结构和功能网络)的工具包,前面我已经使用FSL和PANDA得到了FA矩阵,那么接下来我就使用FA矩阵进行图论分析,计算结构网络的网络拓扑属性包括:聚类系数(clustering coefficient)、最短路径长度(shortest path length)、小世界属性包括标准化聚类系数(normalized clustering coefficient)、标准化最短原创 2021-05-04 11:33:44 · 18294 阅读 · 63 评论 -
构建个体结构脑网络的另一种方法
这篇文献提出了一种构建个体结构脑网络的方法即Morphometric INverse Divergence (MIND),通过T1像数据即可对每个被试构建一个脑网络,且通过多个特征进行构建而非单一的特征。即可获得由4个特征得到的个体结构网络矩阵,可以根据自己的需求采用不同的特征组合得到网络矩阵,也可以结合T1/T2像得到髓鞘化相关的网络矩阵,后续可修改代码批量处理自己的数据。这是文献贴出来的代码。在终端直接克隆到本地。2.修改路径运行代码。原创 2024-05-14 15:18:17 · 227 阅读 · 0 评论 -
基于T1w/T2w 比值揭示髓磷脂相关变化
最近在阅读文献的时候发现2篇文章,是采用T1w/T2w 比值表征髓磷脂,有点感兴趣,因此尝试了一下文献所提出的方法。) 髓鞘形成是皮层下白质的一个显著特征,但大脑皮层的灰质也包含大量髓鞘轴突,深层皮质的髓鞘磷脂密度高于浅层皮质层的。先前的研究表明,T1w/T2w比率的区域差异与组织学定义的皮质区域的髓磷脂含量匹配,并增强对髓鞘信号强度的敏感性,同时减少受试者间信号强度偏差,可以用作检测与疾病相关的髓鞘形成程度变化。原创 2024-02-15 21:06:37 · 523 阅读 · 1 评论 -
使用HCPpipelines分割皮层
前段时间阅读了一篇文献,文章的做法我比较感兴趣,所以打算学习一下文献的做法。文章的最开始一部分是使用HCPpipelines对T1和T2像进行皮层分割,调用的是freesurfer6。原创 2024-02-03 19:51:16 · 446 阅读 · 1 评论 -
DTI-ALPS处理笔记
前段时间刚好学习了一下DTI-ALPS处理(diffusion tensor image analysis along the perivascular space ),记录一下,以便后续学习。ALPS是2017年发表在《Japanese Journal of Radiology》的一篇文章首次提出的 (),主要用于无创评估脑内淋巴系统功能的衡量数值。C图和D图中的蓝色部分是投射纤维,绿色部分是联合纤维,红色部分是皮下纤维。原创 2023-10-28 21:01:07 · 1896 阅读 · 5 评论 -
使用DIPY处理自由水弥散加权数据
安装完之后,可以通过以下方式检查是否成功:进入python,然后import dipy,如果没有报错就是安装成功了。DIPY 是基于python的工具包,因此需要提前安装好python3,要求python版本在3.6以上。为了可视化,通常还需要安装fury。上面这部分代码将得到的是下面的A图。在一部分我采用pip安装。原创 2023-05-28 17:50:13 · 729 阅读 · 10 评论 -
使用FSL对DTI数据进行预处理
在fsl官网我们可以看到是同时使用了AP和PA图像处理,采用的是最小二乘法将2个图像合并为1个图像。–inindex此处需要处理的是PA图像,在acq_param.txt中我们是把这个放在第一行的,此处为1,如果处理的是AP图像,则此处为2。为了校正磁场引起的畸变,对DTI的B0像分别采集了A>P和P>A的反向编码的两种B0像。即如果AP和PA只有1个B0像时,那么这里就是两行,如果各有3个B0像则这里应该是6行。假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz。原创 2023-05-28 17:09:54 · 3198 阅读 · 6 评论 -
CONN工具箱分析fmri数据笔记2
一阶分析一阶分析是指个体水平的指标分析,主要有三大板块,seed-to-voxel/ROI-to-ROI、voxel-to-voxel/ICA networks。1、seed-to-voxel/ROI-to-ROI(1)Analysis option,有三个选择,seed-to-voxel、ROI-to-ROI、both seed-to-voxel and ROI-to-ROI(默认选择)。如果这里选择是单一的seed-to-voxel或ROI-to-ROI,那么后面的二阶分析也只能选择相对应的进行分原创 2022-08-19 12:55:38 · 2267 阅读 · 1 评论 -
利用GAT(图论分析工具箱)构建并分析大脑结构协变网络学习笔记
前言前面我学习了利用DTI构建白质纤维脑网络,并采用GRETNA计算了小世界网络属性。阅读文献发现可以利用灰质体积或皮层指标(皮层厚度、折叠指数、沟深)等构建结构协变网络再进行网络拓扑属性的计算。因此,我采用前面提取的灰质体积和皮质数据进行了结构协变网络分析,特此写下笔记以便后面的学习。一、数据准备二、构建结构协变网络三、全局属性的统计分析四、局部属性的统计分析五、网络攻击分析六、度的分布..................原创 2022-06-08 00:22:37 · 5984 阅读 · 63 评论 -
利用R批量计算相关系数
批量求相关系数原创 2022-06-04 12:07:01 · 1163 阅读 · 0 评论 -
命令行学学习记录
在整理数据的过程中,有时候我们可能会重复好多次的操作,但是如果使用命令操作的话,极度舒适,因此以此篇博客记录下命令行学习记录。(不断学习不断更新哈哈哈哈)一、将文件夹下的所有nii文件整理到对应命名的文件夹中整理前示例:整理后示例:for i in `seq 2 6`;do cd /Volumes/yang/NMDAR/NC/T1_vbm cp N$i.nii /Volumes/yang/NMDAR/PT/freesufer/subjects/patient$idone #原始文原创 2022-04-22 18:14:10 · 404 阅读 · 0 评论 -
使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
前言freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件,除了可以分割皮层之外,还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割,因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割,特记录下来以便今后查看macOS系统:12.3 Montereyfresssurfer版本:7.2.0freesurfer官网:freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai一、安装freesurfer目前最新版本为7.2.0,我安装的就是这个版本打开fre原创 2022-04-02 00:46:23 · 4421 阅读 · 13 评论 -
利用dpabi和restplus提取ROI灰质体积学习笔记
目录前言一、数据准备二、利用dpabi提取ROI灰质体积三、restplus提取ROI灰质体积前言我利用SPM/CAT12进行灰质、白质、脑脊液分割之后分别已经得到各自的图像文件,在全脑水平已经做了统计分析。如果还想要进一步进行ROI的统计分析或者与量表等临床资料做相关分析,就需要提取ROI灰质体积。几个月没动过这数据了,突然心血来潮想学一下如何提取ROI灰质体积,以此篇博客记录我的提取ROI灰质体积学习过程。提取ROI灰质体积的方法及软件有许多种,本人尝试了dpabi和restplus。一、数据准备原创 2021-10-17 00:43:35 · 7529 阅读 · 31 评论 -
利用CAT12做皮层指标的统计分析及可视化笔记记录
利用CAT12做皮层指标的统计分析及可视化文章目录利用CAT12做皮层指标的统计分析及可视化前言一、统计步骤1.Basic Models2.Estimate Surface Models3.Results二、可视化1.t值可视化2.p值可视化前言本来没有打算做SBM的,因为自己是新手小白,许多操作都不太懂,但最后还是打算做一下,于是就从上周末开始将很久之前跑VBM得到的surf文件夹中的数据捡起来继续做皮层分析,因为之前看了一个博主的博客,关于如何做SBM已经讲得非常清楚了,但是在统计及可视化这里,我原创 2021-03-17 22:33:03 · 6322 阅读 · 27 评论 -
超小白用PANDA处理DTI数据的心酸历程笔记
开始啦!!!最近在学习使用北师大研发的PANDA管道工具处理数据,在此记录及回顾整个过程中遇到的问题,以帮自己巩固学习,也为以后像我这样的小白提供参考,在CSDN有很多优秀的博主也分享了自己的经验,作为小白而言,下面所写可能并非完全正确,如有错误请各位大佬指教!!!首先,介绍一下PANDA,它是一个基于FSL研发的DTI数据分析软件。在学习使用这个管道工具的过程中,我大部分的时间都花费在下载软件、安装软件和系统环境变量搭建上。如果这部分你做好了,那么跑数据就相对简单一些,当然不排除还是会出现一些小问题,原创 2020-12-18 20:30:29 · 9567 阅读 · 70 评论 -
提取预处理后的FMRI平均时间序列构建功能连接学习笔记
提取平均时间序列构建功能连接原创 2022-07-12 21:51:10 · 2482 阅读 · 2 评论 -
CONN工具箱分析fmri数据笔记1
前言一、安装二、预处理三、去噪前言CONN:functional connectivity toolbox,是基于MATLAB和SPM的一个对功能磁共振数据进行分析的一个工具箱。可以进行以下分析:Seed-based correlations (SBC),ROI-to-ROI correlations,graph analyses,Independent component analyses(group-ICA),Masked (ICA)Amplitude of Low-Frequency.原创 2021-11-21 00:11:49 · 5053 阅读 · 8 评论