提取预处理后的FMRI平均时间序列构建功能连接学习笔记

一、数据准备:

1、将预处理后的被试数据存放在fundata下

在这里插入图片描述

2、aal模板
3、灰质概率模板以0.2为阈值生成的灰质mask
注意三者分辨率要一致

二.基于aal模板,提取预处理后的fmri数据每个脑区的平均时间序列,构建功能连接矩阵

clc,clear,close
path='/Volumes/ysy/fmri/fundata'; %数据路径
file=dir([path,filesep,'sub*']); %读取被试文件名
[
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提取fmri时间序列构建功能连接矩阵的过程可以分为以下步骤: 1. 数据获取:首先需要获取fmri的原始图像数据。fmri技术通过在被试者头部获得磁共振信号来捕捉脑活动。这些数据通常以DICOM(数字成像与通信)格式存储。 2. 数据预处理:对fmri数据进行预处理是为了去除噪音、减小运动伪影等。常见的预处理步骤包括头动校正、切片时校正、空间标准化、去除伪影、去除低频漂移等。 3. 信号提取:从已经预处理fmri数据中提取时间序列。这可以通过在感兴趣的脑区域上定义一个或多个感兴趣的区域(ROIs)来完成。常见的方法包括基于解剖学的方法(如基于模板的ROI)和基于功能的方法(如独立成分分析或种子相关性)。 4. 功能连接矩阵的构建功能连接矩阵描述了脑中不同区域之间的功能相关性。通过对提取时间序列进行计算,可以得到功能连接矩阵。经典的方法包括相关性分析、互信息估计、Granger因果关系分析等。该矩阵是一个对称矩阵,每个元素表示不同脑区域之间的连接强度。 5. 网络分析:功能连接矩阵可以用于进行网络分析,以揭示脑区之间的关联模式。网络分析方法包括度中心性、特征值中心性、模块度等。这些指标可以用于量化和比较功能连接网络的特性,以帮助理解和研究大脑的功能组织。 总结来说,提取fmri时间序列构建功能连接矩阵是并行进行的两个步骤。时间序列提取通过预处理和定义感兴趣的脑区域来获得,而功能连接矩阵通过对时间序列进行计算得到。功能连接矩阵进一步可以用于进行网络分析,以便研究脑区之间的功能关联。这些方法为理解脑功能和大脑疾病的机制提供了重要的工具。

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