R SpiecEasi包的安装中遇到的Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found的解决策略

       最近尝试使用R包来进行SparCC的分析，结果在下载该包的时候受到阻碍，原因是该包是在github上的，一般github上的包下载会比较吃力（即使我安装了最新的github加速工具），有各种各样的问题，处理的过程如下：

1. 首先是直接使用devtools::install_github 去安装：

library(devtools)
devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi')

结果不出意外的报错了，因为处理过程反复进行R的重启，所以具体的报错信息没有进行及时的截图保存，但是大致的意思是这样的：Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found，就是make出了问题，具体make是啥我不太清楚。

# 报错内容没有及时截图保存，大致是这的：

Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'SpiecEasi'

2. 之后尝试使用老办法，即从github上下载安装包，进行本地安装，结果还是没成功，这个包有依赖包，就算一个个下载安装可以也挺麻烦的（这里就展示出报错内容了，大家看看就好）

install.packages("D:/系统文件管理/桌面/SpiecEasi-master/SpiecEasi-master",
                 repos = NULL,type = "source")

3. 没办法了，只能去百度了，借鉴了这个帖子，对我帮助很大！Rstudio安装R包报错：Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found_BioFlorist的博客-CSDN博客_rstudio安装后提示错误

总结一下就是Rstudio和R的版本太低了，然后make出来问题，只要更新一下R和Rstudio，之后相应的安装一下Rtools，应该就可以了

（1）更新Rstudio，由于我的R版本是4.1.2，太低了于是系统提示需要把R也更新一下，照做了

# install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

（2）然后去指定的R官网下载与你的R版本对应的Rtools即可（我的R版本是4.2.1，Rtools版本需安装适配R4.2及以上的就行），不推荐使用代码下载，手动下载安装就行。网站的地址为：

Rtools42 for Windows 和 Index of /nosvn/winutf8/ucrt3 (r-project.org)

我用了前者，下载的版本是是rtools42-5253-5107-signed.exe，官网提示这个版本适用于4.2及以上的R，文件大小是456Mb，建议使用迅雷下载，自定义安装到D盘：

 注意，不要按照前面提到的帖子中安装的版本去安装Rtools，帖子中的那个版本不适合4.2的R，安装后不适配仍然会报错！

将其下载下来，在指定的目录安装即可，之后运行代码，检测make的位置信息，能显示“make”路径即可——我的是 "D:\\APP~1.STO\\rtoola\\rtools42\\usr\\bin\\make.exe"

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
Sys.which("make")

#                                                make 
# "D:\\APP~1.STO\\rtoola\\rtools42\\usr\\bin\\make.exe" 

这边有个小插曲：如果没有显示make的路径，要重新启动一下Rstudio。

（3）之后安装帖子的提示，安装jsonlite包来检验你的Rtools是否好用：

install.packages("jsonlite", type = "source")

 Ok，目测新安装的Rtools好用，下面就进行 SpiecEasi 包的安装，直接安装就可以了：

library(devtools)
devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi')
library(SpiecEasi)