关于近期kraken2：rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?) 的报错对策

近期，我在使用kraken2进行各个物种序列库构建的时候，出现了报错，内容是：rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?) for https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/762/265/GCF_000762265.1_ASM76226v1

就很气，因为以前做的时候没有这个错误，于是进行百度，在kraken2的github官网上找到了答案，链接如下：unexpected FTP path (new server?) · Issue #508 · DerrickWood/kraken2 · GitHub

其中一个叫 lynngao的小姐姐提出报错原因是：原作者在写rsync_from_ncbi.pl这个文件的时候读取的文件里面下载网址是ftp开头的，但是实际我们下载下来网址是https开头的，所以只需要把这个文件里面的ftp改成https即可。

解决方案如下：

即把rsync_from_ncbi.pl文件的第46行的

“ if (! ($full_path =~ s#^ftp://${qm_server}${qm_server_path}/##)) ”

换成

“if (! ($full_path =~ s#^https://${qm_server}${qm_server_path}/##))”

具体操作如下：

（1）首先在服务器中定位rsync_from_ncbi.pl 文件的位置，使用find命令：

find -name rsync_from_ncbi.pl 查找目录，我们先把标记kraken2的文件夹下的rsync_from_ncbi.pl文件进行修改，将第46行的ftp改成https。

 rsync_from_ncbi.pl 文件的修改位置如下：

 结果发现还是不行，报错内容同上

 （2）于是，我推测应该是修改的不彻底的原因，kraken2依托的conda环境qc2的rsync_from_ncbi.pl 也需要修改，于是cd到~/miniconda3/envs/qc2/libexec 文件夹下，将rsync_from_ncbi.pl按照同样的方式进行了修改。结果又报错了，报错内容如下：

（3）一看是文件权限问题，那么一定是我没有按照标准流程使用命令在线修改（事实上，我是手动修改的，就是将文件下载下来，修改后再替换原文件），导致文件属性发生变化，于是我在FileZilla上比较各个文件的权限，在FileZilla上有几种文件的权限格式，其中包括-rwxrwxr-x和-rwxrwxr--（手动修改的rsync_from_ncbi.pl文件就是这种格式，不要被下图误导，下图的rsync_from_ncbi.pl文件是我修改权限之后的），如图：

 

 两类文件的权限有什么区别呢？查看一下他们的权限信息，比较如下：

在FileZilla上的权限查看：

 -rwxrwxr--文件的权限：

 -rwxrwxr-x文件的权限：

 可见，-rwxrwxr--权限的文件实际上是不能进行执行的，这也正是download_genomic_library.sh文件不能读取rsync_from_ncbi.pl的原因，把所有的rsync_from_ncbi.pl文件的执行权限都勾选上，就可以了！再次运行就顺利跑通！

 

写在最后：

感谢 lynngao小姐姐（哇她竟是外国知名大学的生信博士，厉害）不厌其烦的教我如何操作（没错，kraken2官网例，issue部分 #508专栏 的一直提问小姐姐的shengxin450就是我），希望本文对大家有帮助，期待大家有更方便快捷的解决方法，更期待kraken2的官方能尽快写个脚本修复这个错误（如果它是个错误的话），遇到困难多查多问，祝大家科研顺利！！！