Tracksplot的绘制（绘图基础知识）

最新推荐文章于 2024-06-22 09:37:20 发布

追风少年ii

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文章标签： python 数据分析

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53637133/article/details/138268025

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本文介绍了如何利用Seurat和ggplot2库在R中处理10X单细胞数据，展示基因表达变化，并扩展至创建世界地图面板，强调了基础绘图技巧的学习重要性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！

我们的任务是实现下面这张图

直接开始,读取数据

library(Seurat)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(RColorBrewer)
library(ggalt)  
colormap = colorRampPalatte(rev(brewer.pal(11,'RdYIBu')))(15)
Seurat_obj = readRDS(10X单细胞/空间seurat对象)
df = as.data.frame(t(as.matrix(Seurat_obj@assays$RNA@data)))[,感兴趣的基因列表]
df$x = rownames(df)
dfData = melt(df,id = 'x')

开始绘制

ggplot(dfData,aes(x = x,y = value)) + geom_horizon(colour = NA,size = 0.25,bandwidth = 10) +
facet_warp(~variable,ncol =1 ,strip.position = 'left') +
scale_fill_manual(values = colormap) +
xlab('Barcode')  +           ###这里建议大家转换一下，不要显示barcode，转换成cluster或者细胞类型
ybal('') +
theme_bw() +
theme(strip.background = element_blank(),
strip.text.y = element_text(hjust = 0 ,angle = 180,size = 10),
axis.text.y = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
panel.spacing.y = unit(-0.05,'lines'),
panel.grid.major.y = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank(),
axis.ticks.y = element_blank())

在这里我们大功告成，完成上面图谱的绘制。

扩展一下

使用ggplot2和ggalt包绘制世界地图面板

代码如下

library(ggplot2)  #需安装最新的2.0.0版本
library(dplyr)  #你也可以用内置的subset函数来代替filter函数
library(ggalt) #安装方法: devtools:install_github("hrbrmstr/ggalt")。需安装加载devtools包
library(ggthemes)
 
world <- map_data("world")
world <- world[world$region != "Antarctica",] # 剔除南极洲
 
dat <- read.csv("CLIWOC15.csv")        
dat <- filter(dat, Nation != "Sweden") 
 
gg <- ggplot()
gg <- gg + geom_map(data=world, map=world,
                    aes(x=long, y=lat, map_id=region),
                    color="white", fill="#7f7f7f", size=0.05, alpha=1/4)
gg <- gg + geom_point(data=dat, 
                      aes(x=Lon3, y=Lat3, color=Nation), 
                      size=0.15, alpha=1/100)
gg <- gg + scale_color_tableau()
gg <- gg + coord_proj("+proj=wintri")
gg <- gg + facet_wrap(~Nation)
gg <- gg + theme_map()
gg <- gg + theme(strip.background=element_blank())
gg <- gg + theme(legend.position="none")
gg

基础知识，多多学习