用circlize包绘制circos-plot

作者简介Introduction

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circlize包

circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的Github主页（https://github.com/jokergoo）。这个包有两个文档，一个是介绍基本原理的绘制简单圈圈图的，也是本次要介绍的。另外一份文档专门介绍基因组数据绘制圈圈图Genomic Circos Plot，我自己还没看完，下次再介绍。

根据我的学习发现这个包与ggplot2很相似，也是先创建一个图层，然后不断的添加图形元素（point、line、bar等），这些简单的图形元素都有circos.这个前缀进行绘制，比如要绘制点，则用circos.points()。具体的下面一一介绍。

用circlize绘制圈圈图

照例，没有安装这个包的先安装：install.packages("circlize")或者devtools::install_github("jokergoo/circlize")。

绘图第一步是先初始化(circos.initialize)，接下来绘制track，再添加基本元素。需要提一下的是，由于circlize绘制图是不断叠加的，因此如果我们一大段代码下来我们只能看到最终的图形，这里为了演示每端代码的结果，所以每次我都得初始化以及circlize.clear。

library(circlize)

# 简单创建一个数据集

set.seed(999)

n <- 1000

a <- data.frame(factors = sample(letters[1:8], n, replace = TRUE), x = rnorm(n), y = runif(n))   

绘制第一个track

par(mar = c(1, 1, 1, 1), lwd = 0.1, cex = 0.6)

circos.par(track.height = 0.1)

circos.initialize(factors = a$factors, x = a$x)

#初始化，factors来控制track数目，初始化里只有x， 没有y。这一步相当于ggplot()

circos.trackPlotRegion(factors = a$factors, y = a$y,

panel.fun = function(x, y) {

circos.axis()})

col <- rep(c("#FF0000", "#00FF00"), 4) #自定义一下颜色

# 这里先解释一下，一个track有好几个cell，具体数目由factors决定的，向本数据集中factors有八个，因此绘制一个track，其包含八个cell。含有前缀circos.track的函数会在所有的cel里添加基本元素，而只有前缀circos.的函数可以在特定的track、cell里添加基本元素。具体看下演示。

circos.trackPoints(a$factors, a$x, a$y, col = col, pch = 16, cex = 0.5) #所有的cell里都绘制点图

circos.text(-1, 0.5, "left", sector.index = "a", track.index = 1) #在track 1中的标记为a的cell里添加

textcircos.text(1, 0.5, "right", sector.index = "a")

circos.clear()

接下来绘制第二个track

circos.trackHist添加柱状图，由于柱状图相对高级一点，因此circos.trackHist会自动创建一个track，无需我们circos.trackPlotRegion进行创建。

par(mar = c(1, 1, 1, 1), lwd = 0.1, cex = 0.6)

circos.par(track.height = 0.1)

circos.initialize(factors = a$factors, x = a$x)

circos.trackPlotRegion(factors = a$factors, y = a$y,

panel.fun = function(x, y) {

circos.axis()})

col <- rep(c("#FF0000", "#00FF00"), 4)

circos.trackPoints(a$factors, a$x, a$y, col = col, pch = 16, cex = 0.5)

circos.text(-1, 0.5, "left", sector.index = "a", track.index = 1)

circos.text(1, 0.5, "right", sector.index = "a")

bg.col <- rep(c("#EFEFEF", "#CCCCCC"), 4)

circos.trackHist(a$factors, a$x, bg.col = bg.col, col = NA)

circos.clear()

创建第三个track