空间转录组数据分析之空间轨迹（Spatial tendency）

最新推荐文章于 2024-07-12 17:26:41 发布
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文章标签： 数据分析 数据挖掘 单细胞 空间转录组
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版权
作者，Evil Genius
今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚，又一个鲜活的生命在太原从桥上跳下。
往事不堪回首
今天我们来学习空间轨迹
空间轨迹包括空间基因轨迹和细胞轨迹、甚至包括CNV轨迹
关于空间轨迹也写了很多，列在下面
时空轨迹分析导论
空间转录组之空间基因和细胞轨迹
10X空间转录组数据分析之CNV轨迹层级
时空轨迹和空间细胞相互作用
与单细胞不同，单细胞轨迹主要是用来研究细胞的发育分化方向，但是空间轨迹主要是来研究TME，具体的做法就是研究某个区域随着距离的扩大，基因表达或者细胞含量的变化，如下图：

诸多文章用到了这个方法，以前在分享SPATA2的时候，有介绍到轨迹分析的内容，如下图：

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追风少年ii
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在R语言中，可以使用一些包来读取和处理空间转录组数据，常用的包有Seurat、SpatialTranscriptomics和STUtility等。这里以Seurat包为例，介绍如何读取空间转录组数据。 1. 安装Seurat包 在R语言中，需要先安装Seurat包。可以使用以下代码进行安装： ``` install.packages("Seurat") ``` 2. 读取数据 在使用Seurat包之前，需要将空间转录组数据读入R语言环境中。通常使用的数据格式有10x Genomics Visium、NanoString GeoMx和Spatial Transcriptomics等。Seurat包中提供了一些函数来读取这些数据格式，如Read10X()、ReadVisium()和ReadSpatial()等。 例如，使用以下代码读取10x Genomics Visium格式的空间转录组数据： ``` library(Seurat) data <- ReadVisium("path/to/data") ``` 其中，"path/to/data"是数据文件的路径。 3. 数据预处理 读入数据后，需要进行一些数据预处理，如基因过滤、归一化和批次效应校正等。Seurat包提供了一些函数来进行这些预处理操作，如FilterCells()、NormalizeData()和IntegrateData()等。 例如，使用以下代码对数据进行基因过滤和归一化： ``` data <- FilterCells(data, min.cells = 3, min.genes = 200) data <- NormalizeData(data) ``` 其中，FilterCells()函数可以去除低质量的细胞和基因，min.cells和min.genes参数分别表示每个细胞和每个基因的最小表达量。NormalizeData()函数可以将数据进行归一化。 4. 可视化 数据预处理完成后，可以使用Seurat包中的SpatialPlot()函数对空间转录组数据进行可视化。SpatialPlot()函数可以将细胞和基因的空间位置信息与基因表达量进行可视化，并使用t-SNE或UMAP等算法将细胞投影到二维空间中。 例如，使用以下代码对空间转录组数据进行可视化： ``` data <- RunTSNE(data) SpatialPlot(data, label = "gene", gene = "ACTB") ``` 其中，RunTSNE()函数使用t-SNE算法将细胞投影到二维空间中，SpatialPlot()函数用于可视化数据。gene参数用于指定要可视化的基因，label参数用于指定标签的类型，可以是"cell"、"gene"或"both"。 5. 差异表达基因分析 可视化完成后，可以使用Seurat包中的FindMarkers()函数对不同空间区域之间的差异表达基因进行分析。FindMarkers()函数可以使用Wilcoxon秩和检验或t检验等方法来进行差异分析，并计算每个基因在不同空间区域中的平均表达量和差异表达程度。 例如，使用以下代码对不同空间区域之间的差异表达基因进行分析： ``` markers <- FindMarkers(data, ident.1 = "area1", ident.2 = "area2") head(markers) ``` 其中，ident.1和ident.2参数分别表示要比较的两个空间区域的标识符，FindMarkers()函数会返回一个包含差异表达基因信息的数据框。

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