本文探讨了空间轨迹在空间转录组学中的应用，区别于单细胞轨迹，它关注区域基因和细胞随距离变化的研究，用于探究TME。文中介绍了避免手动指定起点和终点的新型分析方法，通过指定区域并分析基因或细胞含量变化，结合10X空间数据进行深入分析。此外，还涉及掩膜图像生成、统计测试、回归分析和基因聚类等步骤。
作者，Evil Genius
今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚，又一个鲜活的生命在太原从桥上跳下。
往事不堪回首
今天我们来学习空间轨迹
空间轨迹包括空间基因轨迹和细胞轨迹、甚至包括CNV轨迹
关于空间轨迹也写了很多，列在下面
时空轨迹分析导论
空间转录组之空间基因和细胞轨迹
10X空间转录组数据分析之CNV轨迹层级
时空轨迹和空间细胞相互作用
与单细胞不同，单细胞轨迹主要是用来研究细胞的发育分化方向，但是空间轨迹主要是来研究TME，具体的做法就是研究某个区域随着距离的扩大，基因表达或者细胞含量的变化，如下图：
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