作者,Evil Genius
其实关于细胞niche,之前已经分享了R版本的代码了,内容在
10X空间转录组数据分析之细胞niche
甚至还分享了关于分子niche的内容10X空间转录组数据分析补充之分子niche
分析代码拿到如下的结果:
但是我们还是需要更新python版本,因为python版本的的细胞niche与cell2location进行对接,用到了目前比较流程的NMF的方法,所以在分析内容上会丰富很多。
即使现在空间平台精度是不统一的,
但是空间的四大矩阵是逃不开的。
1、分子矩阵,gene X barcode,这是最开始大家拿到的矩阵
2、细胞矩阵,空间解卷积之后的矩阵,细胞 X Barcode
3、分子niche矩阵, 即分子生态位矩阵,主要研究分子微环境,包括邻域通讯等, gene X Barcode
4、细胞niche矩阵,即细胞生态位矩阵,主要用来研究细胞的空间排布,例如侵袭性的肿瘤细胞空间临近巨噬,所有细胞的空间排布形成了细胞niche矩阵.