R入门基本语法

getwd()
setwd(dir="C:/Users/HUAWEI/Desktop/Rdata/lsm")#注意User和Desktop的首字母大写
list.files()#看工作目录下文件
dir()#看工作目录下文件
1+2
x <- 3 #用alt和连字符快捷赋值一个局部变量，右侧environment里value可以看到x的值
y<<-3 #强制赋值给全局变量
a <- sum(1,2,3,4,5)#注意英文括号是红色，中文括号是白色
a
z <- mean(c(1,2,3,4,5))#mean是对第一个数取平均值，所以要加c（）
z
ls.str()#列出当前工作空间的变量及详细信息
ls()#简略版查看定义变量
ls(all.names = TRUE)#列出以点开头的隐藏文档
rm(x)#删除工作空间的某个变量
rm(list=ls())#删除所有变量。把ls()赋值给list，然后删除list就行。
#可以在下面这个console窗口用光标上下键来找之前的命令
history()
history(25)#列举25个历史命令
#control+L 清屏
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expr_data <- read.table("Matrix_of_expression.txt",header = T,
                        row.names = 1,sep = "\t")
#header=TRUE，第一行为变量名的逻辑型变量
#sep = ","，各个字符之间以空格间隔
#row.names= 1 ，第一列默认为行名
#sep="," 【csv 文件是用逗号分隔的，故而 sep = ","】如果搞错右侧data都不进来！！！
#txt/tsv文件是用制表符分隔的，故而 sep = "\t"
#read.table跟read.csv的区别：如果有个.csv文件，前几行是以'#'开头的说明信息。
#用read.table()读取时，默认忽略以'#'开头的行；
#用read.csv()读取，就可以把这些以'#'开头的行都读入了。
#另外，用scan()读取，会因第一个符号是'#'报错

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expr_data <- read.csv("counts.csv",header = T,
                      row.names = 1,sep = ",")
Group <- read.csv("group.csv",header = T,row.names = 1,sep = ",")
#先把两个文件读取进来，header=T把第一行用作变量名///row.names=1把第一列用作行名///sep=","用空格做分隔符

data_edgeR <- 2^expr_data#log以2为底逆转换
data_edgeR <- round(data_edgeR)#取整数
group_edgeR <- Group$group#$的意思是把Group文件里的一个变量group

table()
class()


Group0=factor(c(rep("Control",2),rep("Treated",2)))#创建分组因子变量

group_Deseq <- factor(c(rep("control",times=2),rep("treated",times=2)))#创建分组因子变量

---------------------------------------------------------------2023-11-22--------------------

rm(list = ls())##清空环境变量