用org.HS.eg.db进行SYMBOL\GENENAME\ENTREZID的转换

######################entrezID转换##################################
#############教程：B站不吃糖的康康《ensembl_ID转换》################

library(org.Hs.eg.db)

keytypes(org.Hs.eg.db)#####查看org.Hs.eg.db中可以被选择/使用的类型
setwd("C:/Users/HUAWEI/Desktop/Rdata/bss/GSEA")
gsea <- read.csv("gsea.csv",header=T)
X <- gsea$ensembleID######第一列就是ensembleID，把他赋值给一个X
get <- c("SYMBOL","GENENAME","ENTREZID")
result <- select(org.Hs.eg.db,
                 keys = X,
                 columns = get,
                 keytype = "ENSEMBL")
                 
                 ###select选择一个函数（org函数）
                 ####keys=x是表示数据来源（来源于x，x是刚刚赋值的gsea$ensembleID）
                 ###column是需要获得的类型（需要获得get，get <- c("SYMBOL","GENENAME""ENTREZID")
                 ###keytype是输入的类型（ENSEMBL）
                 #####【'select()' returned 1:many mapping between keys and columns】不是一一映射的，是有重合的。
result <- na.omit(result)###去除result里面的NA值（有些在org包里匹配不到的）
table(duplicated(result$ENTREZID))#####有重复，原因是好几个探针覆盖同一个基因。可以看一下多少重复。

让我们谢谢b站~~~~！

感谢bilibili大学。