Exception in thread “main“ java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space: failed reallocation of scala

跑ModelSegments时输出没有结果并报错Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space: failed reallocation of scalar replaced objects;解决方法将--java-options "-Xmx20g"中内存调大,比如到-Xmx180g即可解决问题;

id="test"

gatk --java-options "-Xmx180g" ModelSegments  --denoised-copy-ratios ./8.cnv/gatk/denoisedCR/${id}.clean.denoisedCR.tsv --allelic-counts ./8.cnv/gatk/allelicCounts/${id}.allelicCounts.tsv --normal-allelic-counts ./8.cnv/gatk/allelicCounts/${germline}.allelicCounts.tsv --output-prefix $id --output  ./8.cnv/gatk/segments

参考https://github.com/broadinstitute/pilon/issues/44

  • 1
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值