Error in if (class(projection) != “matrix“) projection <- as.matrix(projection) : the condition h

ordercells函数;报错内容如下
Error in if (class(projection) != "matrix") projection <- as.matrix(projection) : 
  the condition has length > 1
In addition: Warning message:
In graph.dfs(dp_mst, root = root_cell, neimode = "all", unreachable = FALSE,  :
  Argument `neimode' is deprecated; use `mode' instead
#linux中尚未解决,但是本地电脑Rstudio中也是上述报错,解决方法如下
#参考https://github.com/ixxmu/mp_duty/issues/3404
下载包https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/files/10134172/monocle_2.26.0.tar.gz
#Rstudio中安装包
install.packages("D:/egde_download/monocle_2.26.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
#即可正常运行
HSMM <- orderCells(HSMM)
Warning messages:
1: In graph.dfs(dp_mst, root = root_cell, neimode = "all", unreachable = FALSE,  :
  Argument `neimode' is deprecated; use `mode' instead
2: In graph.dfs(dp_mst, root = root_cell, neimode = "all", unreachable = FALSE,  :
  Argument `neimode' is deprecated; use `mode' instead
#warning无所谓

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这段代码定义了一个名为GhostBottleneck的类,继承自nn.Module。该类实现了一个带有可选Squeeze-and-excitation (SE)的Ghost bottleneck。 在初始化方法中,它接受一些参数,包括输入通道数(in_chs)、中间通道数(mid_chs)、输出通道数(out_chs)、深度卷积核大小(dw_kernel_size)、步长(stride)、激活函数(act_layer)和SE比率(se_ratio)。它首先判断是否需要SE操作,并保存步长。然后,它定义了以下组件: - ghost1: 一个GhostModule,用于进行点卷积扩展,将输入通道数扩展到中间通道数。 - conv_dw和bn_dw: 如果步长大于1,则定义了一个深度卷积层和对应的批归一化层,用于进行深度卷积操作。 - se: 如果需要SE操作,则定义了一个SqueezeExcite模块,用于进行Squeeze-and-excitation操作。 - ghost2: 一个GhostModule,用于将中间通道数缩减到输出通道数。 - shortcut: 根据输入通道数和输出通道数以及步长的不同情况,定义了不同的shortcut结构。如果输入通道数等于输出通道数且步长为1,则shortcut为空;否则,shortcut由一系列卷积层和批归一化层组成。 在前向传播方法中,首先保存输入的残差,然后按照以下顺序进行操作: - 使用ghost1进行第一个ghost bottleneck操作,将输入x转换为中间特征x。 - 如果步长大于1,则使用conv_dw和bn_dw进行深度卷积操作。 - 如果需要SE操作,则使用se进行Squeeze-and-excitation操作。 - 使用ghost2进行第二个ghost bottleneck操作,将中间特征x转换为输出特征x。 - 将残差与shortcut结果相加得到最终输出x。 该GhostBottleneck类实现了一种特殊的残差块结构,通过使用GhostModule和深度卷积、SE等操作,实现了通道数的扩展和缩减,并在残差连接中处理了不同通道数和步长的情况。这种结构常用于一些深度学习模型中的卷积层。

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