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报错
小羊小羊,遇事不难
这个作者很懒,什么都没留下…
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R中as.numeric不起作用
cf124_new[1:124,1:141433]=as.numeric(unlist(test[1:124,1:141433]))#直接运行时转为numeric型不成功。as.numeric对一整列都是字符型的可以转化为numeric;当指定第几行到第几行转化为numeric型时往往不成功。原创 2023-07-29 21:17:38 · 215 阅读 · 0 评论 -
bcftools报错bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0
解决办法,重新安装conda install -c bioconda -c conda-forge bcftools=1.15.1。原创 2023-05-30 21:21:09 · 575 阅读 · 0 评论 -
【无标题】Error: The input GRanges (your vcf data) and the ref_genome do not have the same genome
【代码】【无标题】Error: The input GRanges (your vcf data) and the ref_genome do not have the same genome。原创 2023-05-17 22:25:08 · 75 阅读 · 0 评论 -
ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismat
GATK3 -T RealignerTargetCreator 步骤报错ERROR MESSAGE: SAM/BAM file SAMFileReader{..file path} is malformed: BAM file has a read with mismatching number of bases and base qualities. Offender: T_SOLEXA-GA02:6:9:1538:8018 [1 bases] [0 quals]原创 2023-05-16 19:41:38 · 151 阅读 · 0 评论 -
FPKM转为TPM时报错Error in log(fpkm) : non-numeric argument to mathematical function
报错原因log(fpkm)中fpkm值不能为0,如果M_NM_ftkm数据框中有值为0,则会报错。log(fpkm)中的值需要时数值型的,将数据转为数值型即可。报错原因:需要先将list转为unlist,原创 2023-04-29 21:23:20 · 907 阅读 · 0 评论 -
ggsave保存图片报错Error in x$theme : $ operator not defined for this S4 class
解决方法:用png()保存即可。原创 2023-03-18 09:42:09 · 1836 阅读 · 1 评论 -
STAR构建index报错src/Genome_genomeGenerate.cpp:219:genomeGenerate: exiting because of *OUTPUT FILE* erro
原因,输出文件夹STARindex需要自己手动建立。建立好之后再重新跑即可。原创 2023-03-02 12:59:16 · 367 阅读 · 0 评论 -
plot_pseudotime_heatmap报错Error in intI(i, n = x@Dim[1], dn[[1]], give.dn = FALSE) : invalid chara
原因a向量中有部分基因不在HSMM的行名中。解决办法,删除这部分基因即可。原创 2023-02-25 15:01:38 · 1025 阅读 · 1 评论 -
infercnv运行STEP 18报错Error in do.call(rbind, mcmc[[j]]) : second argument must be a listIn addition:
原因:可能是设置的num_threads参数不合理,调整该参数即可。原创 2023-01-05 17:01:31 · 562 阅读 · 2 评论 -
Error in plot_genes_branched_heatmap(HSMM[row.names(subset(BEAM_res_1, : non-numeric argument to
试试将 plot_genes_branched_heatmap中的参数num_clusters 改变。R中用monocle画图plot_genes_branched_heatmap报错。原创 2022-12-21 15:10:57 · 351 阅读 · 0 评论 -
R中报错Error in mut[, pos] - 1 : non-numeric argument to binary operator
数据不是数值型,转换成数值型即可解决问题。原创 2022-11-28 20:02:44 · 1404 阅读 · 0 评论 -
monocle画热图报错Error in if (isSparseMatrix(exprs(X))) { : the condition has length > 1In addition: War
monocle中画图plot_genes_branched_heatmap报错,将cores数改为2即可正常运行。原创 2022-11-11 21:24:10 · 3278 阅读 · 3 评论 -
R中报错Error in idx[i, ] <- res[[i]][[1]] : number of items to replace is not a multiple of
运行predictions.assay原创 2022-10-19 16:31:47 · 2435 阅读 · 0 评论 -
linux中安装manta和speedseq
注意,这两个软件必须是python2,如果系统默认是python3的话,安装会失败,而且一直报错,无法解决,即使用conda安装也不行。在linux中安装manta和speedseq软件,在github上搜索安装教程。建议:新建一个python2.7的conda环境,在这个环境下安装。安装speedseq。原创 2022-09-21 20:05:50 · 726 阅读 · 0 评论 -
R中报错ERROR: configuration failed for package ‘magick’
R中安装SpatialExperiment包报错。报错内容似乎是缺少imagemagick。解决方法:尝试用conda安装。原创 2022-08-09 21:26:03 · 1101 阅读 · 0 评论 -
R中使用filter函数过滤数据时报错Error in filter(test, test$integrated_snn_res.1.1 == 0) : ‘filter‘里有遺漏值
告诉R需要用哪个包里的filter函数。'filter'里有遺漏值。原创 2022-08-04 21:56:01 · 1193 阅读 · 0 评论 -
DimPlot画图报错Error: Must request at least one colour from a hue palette.
发现meta.data信息中行名已经不是barcode名了,修改回barcodes名。前提:在seurat对象的meta.data中加了一列信息,想用这列信息画图。DimPlot画图时报错。原创 2022-08-04 10:43:26 · 5174 阅读 · 2 评论 -
infercnv报错Error in readRDS error reading from connection
解决办法:删除原来跑的过程中自动生成的文件夹,再重新跑一次。infercnv报错Error in readRDS。原创 2022-08-03 14:44:28 · 2392 阅读 · 0 评论 -
R中pheatmap画图一直报错Error in if (!(names(annotation)[i] %in% names(annotation_colors))) { : argument
查看annotation_row类型,发现不是data.frame,改后成功。原创 2022-07-27 13:44:11 · 2127 阅读 · 0 评论 -
R中安装一些难安装的包
最后尝试找到MERINGUE包的在github上的网址,搜索MERINGUEgithub,发现开发这个包的作者提供了安装的代码。以后安装包找不到好的解决方法,特别是一些小众的包,可以尝试直接在github上搜索,也许作者已经给了安装的代码。之前安装MERINGUE包,各种方法尝试了,仍然不行。...原创 2022-07-20 20:34:32 · 476 阅读 · 0 评论 -
seurat中报错Error: Cannot add a different number of cells than already present
对整合分析后的seurat对象想取出其中的某个cluster进行再聚类分析,但报错参考解决办法,即Integrated后的对象不需要再进行NormalizeData() 和 FindVariableFeatures(), 直接跑 ScaleData()即可 参考Normalization Error: Cannot add different number of cells than already present · Issue #4228 · satijalab/seurat · GitHub...原创 2022-07-04 14:14:21 · 3109 阅读 · 0 评论 -
infercnv报错Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : ‘x‘ must be an array of a
跑infercnv的过程中报错Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be an array of at least two dimensionsinfercnv::run函数跑到第三步骤就进行不下去了,网上搜索解决办法,发现github上有人给出建议参考Error in base::rowMeans(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be原创 2022-06-27 23:45:39 · 1964 阅读 · 0 评论 -
【无标题】 barplot(reactome,showCategory=15)画图报错Error in ans[ypos] <- rep(yes, length.out = len)[ypos]
报错内容:解决方法:有可能是因为根据既有的过滤标准没有被富集到的通路,放宽限定的阈值即可。例如, 此外可通过设置参数,设置轴标签文字的每行字符数长度,过长则会自动换行。参考[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化 - 简书 (jianshu.com)...原创 2022-06-27 23:36:35 · 1385 阅读 · 1 评论 -
R中运行函数enrichPathway报错character(0)Failed with error: ‘‘package‘的长度必需为一’?
R中运行函数enrichPathway时报错如下解决方法,查看help文档,将organism参数值改为mouse原创 2022-06-10 20:58:02 · 2388 阅读 · 1 评论 -
R中函数enrichKEGG报错Error in download.KEGG.Path(species) :‘species‘ should be one of organisms listed in
在R中用enrichKEGG函数进行富集分析时,发现一直报错,尝试修改网络,导入library(DO.db)等网上的解决方法时都没有用,还是出现如下报错,偶然间看到jimmy老师的博客,尝试了下,解决了问题。运行下面代码即可 参考KEGG数据库倒闭了吗 (360doc.com)...原创 2022-06-10 19:41:57 · 13892 阅读 · 8 评论 -
R中报错:Error :$ operator is invalid for atomic vectors
> table(adult1_mut_1$SRR8991002==0)Error in adult1_mut_1$SRR8991002 : $ operator is invalid for R中出现如上报错查看数据类型> class(adult1_mut_1)[1] "matrix" "array" > adult1_mut_1=as.data.frame(adult1_mut_1)> table(adult1_mut_1==0)FALSE TRU.原创 2022-05-09 19:01:51 · 28219 阅读 · 2 评论 -
R报warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_point)
用法ggplot画图时,报warning如下:报错原因:要画的点不在x,y范围内解决办法:根据图形的需求修改xlim和ylim的值成功原创 2022-05-05 19:41:49 · 4851 阅读 · 1 评论 -
R安装stringi包报错
在R中安装stringi始终报错BiocManager::install("stringi")尝试用conda install -c r r-stringi安装安装成功原创 2022-06-10 19:30:56 · 2138 阅读 · 0 评论 -
libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26‘ not found
linux中安装的R打开NMF包报错,之前是可以用的,突然就不能用了报错内容如下尝试网上多种解决方法无果最后尝试成功conda update libgcconda update libgcc参考r - libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found on Linux - Stack Overflow遇事不要心急,多在Google上找找看,问题总是能够解决的!...原创 2022-05-01 19:59:20 · 616 阅读 · 0 评论 -
linux环境中安装R包出错
Error in contrib.url(repos, type) : trying to use CRAN without setting a mirrorCalls: install.packages -> startsWith -> contrib.urlExecution halted解决:在R中安装包仍然出错,用install.package也不行,尝试用conda直接安装终端输入:conda install r-statmod安装成功...原创 2022-03-21 15:15:43 · 1782 阅读 · 0 评论 -
R中seurat包函数FindMarkers报错Error in WhichCells.Seurat(object = object, idents = ident.1) :
在R中运行seurat包中的函数FindMarkers时,出现报错:Error in WhichCells.Seurat(object = object, idents = ident.1) : Cannot find the following identities in the object: 5可能原因:seurat对象b已经被注释过,所以需要用注释后的名字,而不是最初以数字命名的cluster的名字,如...原创 2022-02-23 20:52:09 · 4901 阅读 · 1 评论 -
R中报错Error in `[.data.frame`(all, all$cell_suspension.selected_cell_type == : 选择了未定义的列
在R中做数据筛选时报错Error in `[.data.frame`(all, all$cell_suspension.selected_cell_type == : 选择了未定义的列错误原因:需要根据行或者列筛选解决办法:若按行筛选需要用all[#筛选条件,]若按列筛选需要用all[,#筛选条件]注意“,”的位置...原创 2022-02-15 10:29:09 · 29013 阅读 · 0 评论 -
报错Can‘t locate Fasta_reader.pm in @INC (you may need to install the Fasta_reader module)
使用trinity中的run_DE_analysis.pl进行差异分析时,出现Can't locate Fasta_reader.pm in @INC (you may need to install the Fasta_reader module)报错出错原因,安装了python包 Fasta_reader但perl找不到尝试解决1.pip install Fasta_reader下面会返回Fasta_reader安装位置,在安装位置处找到Fasta_reader的文件运用代码ru原创 2022-02-13 15:59:19 · 1239 阅读 · 0 评论