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seurat
小羊小羊,遇事不难
这个作者很懒,什么都没留下…
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DotPlot中画图指定横坐标
画出来的图的纵坐标是按照字母顺序排序的,也可以设置想要的顺序。原创 2022-10-10 12:55:57 · 1750 阅读 · 0 评论 -
Seurat提取子集Warning message : longer object length is not a multiple
报错:Warning message : longer object length is not a multiple。#seurat对象为pancreas.integrated,想根据cells向量提取部分细胞。原创 2022-08-13 20:25:21 · 436 阅读 · 0 评论 -
DimPlot画图报错Error: Must request at least one colour from a hue palette.
发现meta.data信息中行名已经不是barcode名了,修改回barcodes名。前提:在seurat对象的meta.data中加了一列信息,想用这列信息画图。DimPlot画图时报错。原创 2022-08-04 10:43:26 · 5174 阅读 · 2 评论 -
seurat中报错Error: Cannot add a different number of cells than already present
对整合分析后的seurat对象想取出其中的某个cluster进行再聚类分析,但报错参考解决办法,即Integrated后的对象不需要再进行NormalizeData() 和 FindVariableFeatures(), 直接跑 ScaleData()即可 参考Normalization Error: Cannot add different number of cells than already present · Issue #4228 · satijalab/seurat · GitHub...原创 2022-07-04 14:14:21 · 3109 阅读 · 0 评论 -
R中seurat包函数FindMarkers报错Error in WhichCells.Seurat(object = object, idents = ident.1) :
在R中运行seurat包中的函数FindMarkers时,出现报错:Error in WhichCells.Seurat(object = object, idents = ident.1) : Cannot find the following identities in the object: 5可能原因:seurat对象b已经被注释过,所以需要用注释后的名字,而不是最初以数字命名的cluster的名字,如...原创 2022-02-23 20:52:09 · 4901 阅读 · 1 评论 -
R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图
DimPlot(b, reduction = "umap",label = TRUE,group.by="RNA_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等原创 2022-02-21 21:55:35 · 4036 阅读 · 0 评论 -
画细胞数很少的PCA图并显示原始细胞的名称(自定义细胞名称)
b@meta.data#看orig.ident的信息,对应名称修改,b为一个seurat对象b@meta.data[["orig.ident"]]b@meta.data[["orig.ident"]]=c("C1.NT1","C6.NT2","C1.3","C1.5","C6.1","C1.S3","C1.S5","C6.S1")b@meta.data#修改orig.ident之后DimPlot(b, reduction = "pca",label = TRUE,group.by =..原创 2022-02-14 20:25:46 · 858 阅读 · 0 评论