Linux下编译和安装GROMACS教程详解

1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接https://zh.ieisystem.com/product/kos/9453.html。

GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是一个广泛使用的开源分子动力学模拟软件包，专门设计用于模拟生物分子和其他复杂的分子系统的运动。由瑞典皇家理工学院（KTH Royal Institute of Technology）和乌普萨拉大学的研究团队开发。GROMACS具有高度优化的性能和可伸缩性，使其成为进行大规模、高性能计算的理想工具，尤其在生物物理学、生物化学和材料科学等领域。其强大的功能包括支持各种模拟算法、并行计算、多种力场和模型、以及可视化工具，使科学家能够深入研究分子之间的相互作用，从而更好地理解生物体系的结构和动态行为。详细介绍见官网链接www.gromacs.org。

2 安装环境

2.1 操作系统环境

版本信息：KeyarchOS 5.8sp1

硬件平台：aarch64

2.2 工具版本

gromacs-2022

https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2022.tar.gz

3 安装与测试

3.1 安装GROMACS

在https://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2022.tar.gz

下载安装包

将下载文件上传到服务器,解压。

 进入解压文件

编译前下载依赖工具

yum install cmake fftw fftw3 fftw-devel

 安装完成后开始编译准备，新建build文件夹，进入build文件夹

mkdir build  cd build

运行cmake ..

 

 执行make 编译，等待编译完成 

 编译完成，make install安装

 手动添加到PATH   

export PATH=/root/test/gromacs-2022/build/bin:$PATH

安装完成

3.2 测试

执行gmx --version查看gromacs版本

执行make check这会运行一系列的测试，检查GROMACS是否正确安装和配置。

 

GROMACS提供了一些示例用例，可以在示例目录中找到。尝试运行其中一个简单的示例来确保模拟能够正常工作。

cd gromacs-2022/share/top/

执行gmx pdb2gmx -f spc216.gro

上述表名安装成功