服务器生信环境配置脚本

服务器生信环境配置脚本的重要性在于它为生物信息学的数据分析提供了一个统一和标准化的计算环境。通过自动化的配置脚本，可以快速地在服务器上部署和设置生物信息学的软件和依赖库，确保分析的可重复性和准确性。这样，生物信息学家和研究人员可以节省宝贵的时间，避免了繁琐的手动配置过程，并且减少了因环境设置不当导致的错误。使用配置脚本，研究团队能够更高效地协作，因为每个成员可以在相同的环境中工作，无论他们使用哪台服务器。此外，这种自动化配置也有助于科学研究的透明度和开放性，因为它允许其他研究者在相同或相似的环境中复现实验结果。

#!/bin/bash

####  1、设置工作路径并以root用户登陆
cd /root/
sudo apt-get update

####  2、创建高级用户bob并设置密码
sudo userdel -r -s /bin/bash bob
echo "2、创建高级用户bob并设置密码"
sudo useradd -m bob
echo "bob:123456" | sudo chpasswd
echo "Done"

####  3、安装R
sudo apt-get install -y r-base

####  4、配置Rstudio-server环境
echo "4、配置Rstudio-server环境"
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
sudo gdebi -n rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
rm rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
echo "Done"

####  5、添加Rstudio-server端口
echo '5、请开放服务器安全组的TCP:8787入站规则'
read name
echo "Done 请使用host:8787连接"

####  6、切换为bob用户登陆
su - bob

####  7、配置用户conda环境
echo "7、配置conda环境"
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh -b
rm Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
echo "Done"

####  8、初始化conda环境
echo "8、初始化conda环境"
echo  '
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/bob/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/bob/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/bob/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/bob/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
echo "Done"

####  9、更新conda
# echo "9、更新conda"
# conda update -n base -c defaults conda --yes
# echo "Done"

####  10、安装Plink
echo "10、安装Plink"
wget https://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20231211.zip
mkdir plink
unzip plink_linux_x86_64_20231211.zip -d ./plink/
rm plink_linux_x86_64_20231211.zip
echo 'export PATH=$PATH:/home/bob/plink' >> ./.bashrc
source ~/.bashrc
echo "Done"

####  11、安装LDSC软件和环境
echo '11、安装LDSC软件和环境'
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
# conda env create -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge --file environment.yml
cd ..
echo "Done"

####  12、安装PRS-CS
echo "12、安装PRS-CS"
git clone https://github.com/getian107/PRScs.git
echo "Done"

####  13、安装PRS-CSx
echo "13、安装PRS-CSx"
git clone https://github.com/getian107/PRScsx.git
echo "Done"