生信服务器配置3：bioconda软件管理与R环境、RStudio

今天总结一下如何使用bioconda软件管理生信软件，以及如何配置R环境与Rserver。
bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件。可以下载，安装，升级以及管理。

首先总结生信软件安装下载方式：

1. 二进制，下载之后可以直接运行。
2. 源代码，需要编译
3. bioconda安装

首先来到bioconda官网，https://bioconda.github.io/user/install.html#install-conda

1. 下载Miniconda

Bioconda需要安装conda包管理器。 如果您已经安装了Anaconda Python，那么您已经安装了它。 否则，最好的安装方式是使用Miniconda包。 推荐使用Python 3版本。 Miniconda是Bioconda的精简版本。

curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 设置通道

在安装conda之后，你将需要添加bioconda通道以及bioconda所依赖的其他通道。 重要的是按照这个顺序添加它们，以便正确设置优先级(也就是说，conda-forge是最高优先级)。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

3.安装需要的包

conda search bwa  #查找bwa 版本
conda install bwa=0.7.17 #安装这个版本的bwa
conda install -y samtools  #默认为yes

4.conda常用命令

conda create --name your_env_name  #创建环境
source activate env_name #切换至env_name环境
source deactivate #退出环境
conda create --name your_env_name python=3.5 numpy scipy #创建指定python版本下包含某些包的环境
conda remove package #删除当前环境中的包

5.环境变量配置

将miniconda下面的bin文件夹下面的软件都设置成环境变量，这样其他用户都可以使用软件了。（本身是root操作）
第一种方法：暂时的添加环境变量PATH

export PATH=/lustre/user/taowlab/software/miniconda3/bin/:$PATH

第二种方法：
修改profile文件，为所有用户永久添加某一环境变量：

vim /etc/profile

在里面加入:

export PATH="$PATH:/lustre/user/taowlab/software/miniconda3/bin/"

然后

source  /etc/profile

这时候其他用户就可以用这个环境下面的软件了。

6.安装R环境

# yum install -y epel-release
yum list |grep R
yum install -y R.x86_64   #R 3.6.0  

7.安装RStudio-server

下载

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2021.09.2-382-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2021.09.2-382-x86_64.rpm

Centos7系统要设置一下防火墙

systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server 
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload
rstudio-server status

Rstudio-server可以指定R版本，可在/etc/rstudio/rserver.conf设置。
服务器ip:8787即可访问。