今天总结一下如何使用bioconda软件管理生信软件,以及如何配置R环境与Rserver。
bioconda是一个管理生物信息软件的一个工具软件。可以下载,安装,升级以及管理。
首先总结生信软件安装下载方式:
- 二进制,下载之后可以直接运行。
- 源代码,需要编译
- bioconda安装
首先来到bioconda官网,https://bioconda.github.io/user/install.html#install-conda
1. 下载Miniconda
Bioconda需要安装conda包管理器。 如果您已经安装了Anaconda Python,那么您已经安装了它。 否则,最好的安装方式是使用Miniconda包。 推荐使用Python 3版本。 Miniconda是Bioconda的精简版本。
curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 设置通道
在安装conda之后,你将需要添加bioconda通道以及bioconda所依赖的其他通道。 重要的是按照这个顺序添加它们,以便正确设置优先级(也就是说,conda-forge是最高优先级)。
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
3.安装需要的包
conda search bwa #查找bwa 版本
conda install bwa=0.7.17 #安装这个版本的bwa
conda install -y samtools #默认为yes
4.conda常用命令
conda create --name your_env_name #创建环境
source activate env_name #切换至env_name环境
source deactivate #退出环境
conda create --name your_env_name python=3.5 numpy scipy #创建指定python版本下包含某些包的环境
conda remove package #删除当前环境中的包
5.环境变量配置
将miniconda下面的bin文件夹下面的软件都设置成环境变量,这样其他用户都可以使用软件了。(本身是root操作)
第一种方法:暂时的添加环境变量PATH
export PATH=/lustre/user/taowlab/software/miniconda3/bin/:$PATH
第二种方法:
修改profile文件,为所有用户永久添加某一环境变量:
vim /etc/profile
在里面加入:
export PATH="$PATH:/lustre/user/taowlab/software/miniconda3/bin/"
然后
source /etc/profile
这时候其他用户就可以用这个环境下面的软件了。
6.安装R环境
# yum install -y epel-release
yum list |grep R
yum install -y R.x86_64 #R 3.6.0
7.安装RStudio-server
下载
wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2021.09.2-382-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2021.09.2-382-x86_64.rpm
Centos7系统要设置一下防火墙
systemctl enable rstudio-server.service
systemctl start rstudio-server.service
systemctl status rstudio-server
firewalld
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/tcp
firewall-cmd --permanent --add-port=8787/udp
firewall-cmd --reload
rstudio-server status
Rstudio-server可以指定R版本,可在/etc/rstudio/rserver.conf设置。
服务器ip:8787即可访问。