干实验整体思路

一、在基因组中找到目标基因

1、利用目标基因的名称查找：

• 查找基因的英文全称、简称。
• 在注释文件中用名称查找基因ID
• whfs-xs18137_Total_attachment\annotation_attachment\04.function

2、利用模式植物中目标基因家族查找：

• 下载模式植物中目标基因fasta格式的基因全长序列、CDS序列、氨基酸序列。
• 对模式植物的CDS序列用NTI进行序列对比：找到保守序列（10~20bp）。
• copy保守序列在“Cardamine_hupingshanensis.coding.gene.V1.20181112.cds”文件中查找得到基因ID。

3、找到基因ID后

• 在注释文件中看他是如何注释。
• 利用ID在同路径prp文件中找到氨基酸序列
• 做表格汇总——基因ID/名称/染色体位置/基因座

 4、找基因这一步我建议你们去摸索一下本地建库BLAST，看是否能现有的基因组文件（GTF文件）进行BLAST。

教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库_abai0410的博客-CSDN博客写在前面中秋和国庆期间，我总是要往返广州贵阳。工作在广州，家人在贵阳，于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有，也常常是夜晚的航班。播客听多了，发现只能等着节目更新。来来去去，最后还是要闭眼思考。活着，为了什么？这个课题怎么做？那个课题怎么做？有没有什么新课题想法？是不是把一些想法给忘掉了当然，常常有成果的，自然还是“TBtools的优化”。可能，这是比较简单的事情。开发至今 6 年有余，最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上，这些功能从当初开发到现在，几乎没有更新过。或许https://blog.csdn.net/abai0410/article/details/120637164教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定_abai0410的博客-CSDN博客我突然觉得，TBtools 应该有一个愿景，亦即：让数据分析成为一种享受，而不是折磨。写在前面在过去的一个月内，TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的，那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节，可以在这一教程中体现出来。而教程的主题，我还是稍微想了一下，尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。在我们拿到一个基因序列时，我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能，而对于编码基因，那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。要开展这一分析，最常规有效的做法就是，直接到 Uniprothttps://blog.csdn.net/abai0410/article/details/120889784

二、分子系统发育分析

1、将找到基因在NCBI 中BLAST，看是否是我们想要的基因家族。

NCBI Blast:Nucleotide Sequencehttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi

 2、利用MEGA做系统发育树。

如何用MEGA-X构建进化树_生物研究_实用技巧_科研星球https://www.51xxziyuan.com/54/1152.html

三、分子对接

分子对接 - 你一定要知道的事_哔哩哔哩_bilibili分子对接 - 你一定要知道的事https://www.bilibili.com/video/BV1v5411H7Th?spm_id_from=333.999.0.0

1、蛋白准备

• 建模，下载蛋白的PDB格式。SWISS-MODELSWISS-MODEL is a fully automated protein structure homology-modelling server. The purpose of this server is to make protein modelling accessible to all life science researchers worldwide.https://swissmodel.expasy.org/
• 结合位点预测PrankWebPrank WebApphttps://prankweb.cz/

2、配体准备

• 在ChemSpider中下载3D文件，PDB格式最好（如果没有就下载SDF格式、后面再用ChemSketch转成PDB格式。或者百度一下看其他方式）
• 在ChemSketch中画结构、输出PDB格式文件。

3、软件、脚本安装

后面再说。。。。

四、基因表达