我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨。
写在前面
在过去的一个月内,TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节,可以在这一教程中体现出来。而教程的主题,我还是稍微想了一下,尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。
在我们拿到一个基因序列时,我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能,而对于编码基因,那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。
要开展这一分析,最常规有效的做法就是,直接到 Uniprot 或者 NCBI ,随后 BlastP 或者 BlastX 到 Swissprot 数据库。
这两个平台一个在北美一个在欧洲,我们常常需要等待等待再等待,也不一定进得去。所以最好的做法就是,直接本地 BLAST 数据库。
整体操作步骤如下:
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下载Swissprot的蛋白序列文件;
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打开 TBtools 的 BLAST Zone 功能,导入该文件;
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搞定,后续有待查的蛋白或者核酸序列,直接填入,点 Start 即可分析。
可以发现,非常简单。下面逐步详解。
下载Swissprot的蛋白序列文件
直接打开链接
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