GWAS丨GEMMA软件下载和安装

下载方式有两种:① 自动下载:使用wget。② 手动下载。

自动下载:
## 下载GEMMA
wget -c https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/0.98.1/gemma-0.98.1-linux-static.gz

## 安装GEMMA
gzip -d gemma-0.98.1-linux-static.gz #解压
chmod a+x gemma-0.98.1-linux-static #设置执行权限
./gemma-0.98.1-linux-static #运行测试
手动下载:

1. 下载地址: https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases。选择一个版本(本人正在用的是gemma-0.98.1-linux-static.gz,比较稳定),如下所示:

2. 将安装包传输进服务器某个文件夹下,进入该工作路径后,按照下方安装代码安装即可。

## 安装GEMMA
gzip -d gemma-0.98.1-linux-static.gz #解压
chmod a+x gemma-0.98.1-linux-static #设置执行权限
./gemma-0.98.1-linux-static #运行测试

3. 使用时需要进入该工作路径,并把需要的文件放在该路径下。(听说可以设置全局变量,但我还不太会)

### 如何批量下载 GWAS 数据 为了实现批量下载 GWAS 数据的目标,可以采用多种方法技术手段来完成这一任务。以下是详细的解决方案: #### 使用 EBI 的 GWAS Catalog API 下载数据 欧洲生物信息学研究所 (EBI) 提供了一个开放的 GWAS Catalog API 接口,允许用户通过编程方式访问检索 GWAS 数据集[^3]。可以通过发送 HTTP 请求到该接口并指定参数(如疾病/特征名称、研究 ID 等),从而获取所需的数据。 以下是一个 Python 脚本示例,展示如何使用 `requests` 库调用 EBI 的 GWAS Catalog API 并保存结果为 CSV 文件: ```python import requests import pandas as pd def download_gwas_data(output_file="gwas_results.csv"): url = "https://www.ebi.ac.uk/gwas/rest/api/singleNucleotidePolymorphisms" params = { 'size': 1000, # 每页返回的结果数量 '_page': 0 # 当前页面索引 } all_data = [] while True: response = requests.get(url, params=params) if response.status_code != 200: break data = response.json() if not data['content']: break all_data.extend(data['content']) params['_page'] += 1 df = pd.DataFrame(all_data) df.to_csv(output_file, index=False) download_gwas_data() ``` 此脚本会循环请求所有可用的 SNP 数据,并将其存储在一个名为 `gwas_results.csv` 的文件中[^4]。 #### 利用 NCBI 的 dbGaP 数据库 国家生物技术信息中心 (NCBI) 维护着一个称为 Database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP) 的资源库,其中包含了大量公开可获得的人类遗传关联研究数据集合[^5]。虽然部分数据可能受到限制条件约束,但仍有许多无需授权即可自由使用的资料包可供探索者挖掘价值所在之处。 对于希望自动化处理这些档案的朋友来说,则可通过 FTP 或 SFTP 连接至官方服务器地址 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/dbgap 来实施大规模抓取操作;不过在此之前建议先阅读相关规定说明文档以免违反条款而遭遇不必要的麻烦哦! 另外值得注意的是,在实际应用过程中还需要考虑计算能力以及磁盘空间等因素的影响——毕竟每项实验所产生的原始序列片段往往占据相当可观的空间配额呢!因此务必提前做好规划安排工作才行呀😊 ---
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