GWAS丨GEMMA软件下载和安装

下载方式有两种:① 自动下载:使用wget。② 手动下载。

自动下载:
## 下载GEMMA
wget -c https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/0.98.1/gemma-0.98.1-linux-static.gz

## 安装GEMMA
gzip -d gemma-0.98.1-linux-static.gz #解压
chmod a+x gemma-0.98.1-linux-static #设置执行权限
./gemma-0.98.1-linux-static #运行测试
手动下载:

1. 下载地址: https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases。选择一个版本(本人正在用的是gemma-0.98.1-linux-static.gz,比较稳定),如下所示:

2. 将安装包传输进服务器某个文件夹下,进入该工作路径后,按照下方安装代码安装即可。

## 安装GEMMA
gzip -d gemma-0.98.1-linux-static.gz #解压
chmod a+x gemma-0.98.1-linux-static #设置执行权限
./gemma-0.98.1-linux-static #运行测试

3. 使用时需要进入该工作路径,并把需要的文件放在该路径下。(听说可以设置全局变量,但我还不太会)

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GWAS数据库是一种综合性数据资源,用于存储人类基因组关联研究(GWAS)的结果。GWAS是通过比较大量患病人群和正常人群的基因组数据,寻找与特定疾病或表型特征相关的基因变异。 在GWAS数据库中,可以下载VCF(Variant Call Format)文件,这是一种常用的基因组变异数据文件格式。VCF文件包含了在GWAS研究中鉴定的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)和其他变异类型的信息。 通过下载VCF文件,研究人员可以进行以下方面的分析: 1. 变异位点信息:VCF文件提供了每个变异位点的位置、基因组坐标、基因型等信息。这有助于寻找与特定疾病或表型特征关联的具体变异位点。 2. 群体频率:VCF文件中会包含不同群体中该变异位点的频率信息,研究人员可以分析不同群体中的遗传变异差异,以及变异在不同人群中的分布情况。 3. 基因注释信息:VCF文件还提供了对变异位点的基因注释信息,如变异位点所在的基因、相关功能区域、该变异位点可能的影响等。这有助于研究人员理解变异位点与疾病或表型特征之间的功能联系。 4. 数据比对与整合:研究人员可以将下载的VCF文件与其他基因组数据进行比对和整合,如基因表达数据、蛋白质交互数据等,以全面理解变异位点与疾病或表型特征之间的关系。 总之,通过下载GWAS数据库的VCF文件,研究人员可以获取到与特定疾病或表型特征相关的基因组变异信息,为进一步的研究提供数据基础。这些数据对于深入了解疾病的遗传基础和个体差异具有重要意义。

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