【软件介绍】GWAS meta分析软件：METAL

Meta-analysis是对多个GWAS分析结果进行综合评价。METAL是GWAS meta分析最常用的工具之一，说明文档见：METAL_Documentation

该软件的安装非常简单，直接下载编译好的二进制文件即可，安装过程如下：

wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz
tar xzvf Linux-metal.tar.gz
cd generic-metal/

在安装目录，有一个名为metal的可执行文件，该程序用法很简单，只需要编写一个配置文件，然后执行即可，所以关键在于配置文件的编写。在软件的安装目录，有一个名为example的文件夹，提供了两个示例，其中的metal.txt就是配置文件。

基本应用介绍：

1. 输入文件的分隔符：

METAL希望将每组结果汇总在一个表中。此表必须存储在文本文件中，但METAL在列分隔符、列标题等细节方面非常灵活。这确实意味着在进行meta分析之前需要的基本信息是每个输入文件的描述。应该指定的第一件事就是列分隔符。默认情况下，METAL假定列由空格 (由空格和制表符的任意组合组成) 分隔。也可以进行指定：

SEPARATOR  WHITESPACE    # 默认
SEPARATOR  COMMA         # 用于在某些平台流行的以逗号分隔的文件
SEPARATOR  TAB           # 由单个制表符分隔的列，因此连续的制表符表示空列

2. 软件支持以下两种meta分析的算法：

1) pvalue
2) standard error

第一种是基于p值；第二种是基于标准误，我们知道标准误指的是某个统计量的分布，在使用第二种算法时，需要提供对应的统计量，即Effect, 以逻辑回归/线性回归为例，Effect对应的就是回归系数BETA, 标准误对应的就是回归系数的SE。

每种算法要求的gwas分析结果的格式稍有不同，其中以下3列是必须有的：
1) SNP对应的id或者rs号
2) test allele
3) other allele

在关联分析的结果中，会有OR值来表征关联强弱，而OR值是一个比值，分子除以分母，分子对应的allele为test allele, 分母对应的allele为other allele。

2.1 基于pvalue的算法，额外要求以下3列
1) Pvalue
2) 效应方向：表示test allele和疾病关联方向的列，有正相关和负相关两种，以OR值为例，大于1为危险因素，小于1为保护因素，为了能够区分正负，OR值需要取log。
3) 可选的列：表示样本的大小，根据每个数据集的样本大小来进行加权

2.2 基于标准误的算法，额外要求以下2列
1) effect
2) standard error

前文已经给过解释，effect对应回归分析中的回归系数beta值，standard error对应回归系数的SE。

在配置文件中，需要指定每个study的GWAS结果中上述列对应的标题，以及文件分隔符等选项，这样才能保证软件正确的识别所需的信息，一个配置文件 (文件名：metal.config.txt ) 的示例如下：

# (1) 第一个study的GWAS结果

# MARKER  指定SNP ID对应的列标题
# ALLELE  指定test allele和other allele对应的列标题
# PVALUE  指定P值对应的列标题
# EFFECT  指定效应方向对应的列标题