单细胞多组学联合应用

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多组学

基因组学

概念：对基因进行测序

基因的四种变异：

SNV（点突变）：某一个碱基发生变化

CNV（拷贝数变异）：某一段DNA拷贝数发生变化

InDel（插入/缺失）：某个基因缺失或者被另一个基因插入

SV（结构变异）：基因结构发生改变

所需技术：

ps：外显子和内含子

举例：

TMB指数越高，免疫效果越好

 外显子和单细胞联合应用

研究产生化疗耐药突变型是在化疗前还是过程中产生的。

在外显子测序中，发现化疗耐药的病人在化疗之前就已经产生了突变类型，治疗后突变并没有消失

在单细胞DNA层次中和RNA层次中进行验证，在化疗前就已经有了这种细胞类型，在化疗中，这种突变的细胞类型还进行了变异/进化，突变被放大。

转录组学

主要技术：

普通转录组

将组织磨碎-提出RNA-做反转录扩增测序-得到结果：哪些基因上调，哪些基因下调，哪些基因高表达，哪些基因低表达

可以做单细胞大批量验证

研究细胞发育关系：用普通转录组进行验证单细胞，增强文章的说服力

BCR/TCR：研究新冠抗体序列

过程：找出特异性B细胞-研究抗体-开发疫苗

通常来研究人/动物的免疫状态，在人体中属于多克隆状态，但有时候会出现单克隆扩增

单克隆增值：有了免疫反应或者有自身免疫性疾病

举例：【单细胞转录组和单细胞免疫组的联合应用】

通过免疫组数画图-通过BCR/TCR看单克隆扩增的情况

空间转录组

得到所测细胞RNA，并且知道每个细胞的位置

原理：对组织进行包埋-切片-贴在芯片上（坐上标记）

单细胞转录组

举例：

（通过单细胞转录组测序和空间转录组测序）得到细胞亚型的组成和位置信息，通过转录组的测序，观察功能，就将功能和位置联系在一起

受体和供体相互作用的关系，通过单细胞测序的数据来预测他们的空间位置

表观组学（属于基因组学）

概念：基于非基因序列改变所致基因表达水平变化

DNA甲基化测序

介绍：发生甲基化修饰，抑制下游基因的表达，如果发现某个基因表达下降，则会进行甲基化测序

原理：将正常的C全部变成U，进行反转后全部变成T，反转后如果测序后有C，一定是甲基化了的C，并且能够获得甲基化的C的位置信息

举例：

两种无精症转录组不一样（梗阻性无精症和非梗阻性无精症），甲基化测序以后发现确实存在差异性。

ATAC-seq测序

原理：通过打断染色质区，并且加上接头，捕获到后进行测序，就可以找到正在发挥作用的转录调控元件

与单细胞的关联：

用表观画出图谱和用普通转录组画出图谱，具有高度一致性。----相互验证，科研人员的结果有可信度

ATAC和单细胞的数据联合分析，去批次效应-分析-找到转录调控元件-做热图-对比健康人和急性白血病的特异性表达的转录调控元件

蛋白组学

一般进行验证

技术：免疫组化，流式细胞术（前端：和单细胞结合用流式做一个分选-只针对免疫细胞进行测序；后端：通过对细胞亚型进行分类来进行验证）

举例：

对细胞亚型进行分类-研究细胞亚型的基因表达和功能

 

小结