SingleR版本更新遇到 matrixStats包问题解决。

由于跑单细胞的时候更新了seurat v5，导致我遇到了蛮多问题的，其中这个问题就是我在细胞注释时采用SingleR包遇到的问题。

>singleR.hpca <- SingleR(test = test, ref = hpca.se, labels = hpca.se$label.main)
Error: [matrixStats (>= 1.2.0)] useNames = NA is defunct. Instead, specify either useNames = TRUE or useNames = FALSE. See also ?matrixStats::matrixStats.options

从报错中可见他说的是：当前使用的 matrixStats 包（版本>1.2.01）中的 useNames = NA 已经被废弃。然后当时网上冲浪也找到了一些方法：

第一种：既然我已经更新到超过1.2.0版本的matrixStats 包了，我就索性手动覆盖掉 matrixStats 中的默认设置，将 useNames 参数显式设定为 TRUE 或 FALSE

matrixStats::matrixStats.options(useNames = TRUE)#也可以选择useNames = FALSE
##而后运行原来报错的代码
singleR.hpca <- SingleR(test = test, ref = hpca.se, labels = hpca.se$label.main)

实际上就是没什么用，然后我就觉得是不是SingleR 包内部调用 matrixStats 出现问题，更新一下检查看看，于是更新完发现还是没用（此时我的R版本4.2.1）.

packageVersion("SingleR")##查看包的版本
##此时发现没更新过
remotes::install_github("dviraran/SingleR")#从 GitHub 安装最新版本

第二种：既然他说我的matrixStats 包（版本>1.2.0）中的 useNames = NA 已经被废弃，那我就手动将matrixStats 包滚到<1.2.0的版本，先看看matrixStats都有些什么版本：Releases · cran/matrixStats (github.com)

然后我们选择1.1.0版本：

devtools::install_version("matrixStats", version = "1.1.0")#回到旧版本1.1.0
BiocManager::valid()#检查包依赖，确保所有依赖包都已经兼容

 然后此时在运行原来的代码就会发现报错已经解决了。希望我的经验对大家有帮助，有不对的地方欢迎指正。