fMRI数据处理_预处理_1_fmriprep安装及其docker配置

捣乱_Psy

已于 2022-11-26 15:47:11 修改

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分类专栏： fmri preprocess 文章标签： docker linux 容器

于 2022-11-26 15:04:11 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_65744007/article/details/128046331

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1.1 安装docker

参考链接：
- ubuntu(22)安装docker_Carry_NJ的博客-CSDN博客

1.2 docker简单介绍

docker出现是为了解决各种环境配置问题，在一定程度上与虚拟机类似，比如当我们要安装afni，我们需要各种以来下载，十分麻烦，而docker作为一种linux容器，Linux 容器不是模拟一个完整的操作系统，而是对进程进行隔离，单独对所需要的环境进行配置，而不与外界环境冲突，我理解类似于anaconda的环境。

1.3 docker简易命令简介

#docker版本，表示安装成功
docker version 

###image文件，相当于虚拟机的vmdk文件或者conda创建的env环境，是容器的模板

#列出本机的image文件，
docker image ls

## 删除 image 文件

docker image rm [imageName]

###抓取image文件
#由于 Docker 官方提供的 image 文件，都放在library组里面，所以它的是默认组

docker image pull library/hello-world 

#抓取后可使用命令docker image ls 查看

##运行image 文件

docker container run [containername]

###终止容器
docker container kill [containID]

注意：当我们获取image文件后，运行docker container run [containername] 命令是新建容器，每运行一次，就会新建一个容器。如果希望重复使用容器，就要使用`docker container start`命令，它用来启动已经生成、已经停止运行的容器文件。

1.4 fmriprep配置

我们通过上述学习已经确定了docker 抓去image的命令，下面我们抓去fmriprep的image ：注意：抓取时一定要是最新版本，否这后面我们用到的fmriprep-docker命令可能无法读取下载的fmriprep，而重新下载最新的fmriprep

docker pull nipreps/fmriprep:22.0.2

##后面的：22.0.2是版本号，自己下载的时候可以查询当前最新的版本下载


docker image list #查看下载的fmriprep

###输出结果已经下载完成
REPOSITORY         TAG       IMAGE ID       CREATED         SIZE
nipreps/fmriprep   22.0.2    9b65d3c4cd32   8 weeks ago     12GB
hello-world        latest    feb5d9fea6a5   14 months ago   13.3kB

1.5 fmriprep便捷启动

下载完成后，每次启动需要通过上面的docker run命令，有些麻烦，fmriprep组开发了一个便捷的使用的包fmriprep-docker 用与方便操作

通过命令安装（需要安装python，ubuntu默认安装了python环境）

python -m pip install --user --upgrade fmriprep-docker

###把fmri-docker 添加到路径中

vim ~/.bashrc 
把下面的代码粘贴到最下面

export PATH="/home/username/.local/bin:$PATH"
###冒号后面的路径是你fmriprep-docker通过 pip 安装 所在的路径。

退出vim

###使环境生效

source ~/.bashrc

1.6 检查是否安装成功

##input：
fmriprep-docker -h

##输出：
usage: fmriprep-docker [-h] [--version] [--skip_bids_validation]
                       [--participant-label PARTICIPANT_LABEL [PARTICIPANT_LABEL ...]]
                       [-t TASK_ID] [--echo-idx ECHO_IDX] [--nprocs NPROCS]
                       [--omp-nthreads OMP_NTHREADS] [--mem MEMORY_MB]
                       [--low-mem] [--anat-only] [--boilerplate_only]
                       [--md-only-boilerplate] [--error-on-aroma-warnings] [-v]
                       [--ignore {fieldmaps,slicetiming,sbref,t2w,flair} [{fieldmaps,slicetiming,sbref,t2w,flair} ...]]
....
....
....

未报错则安装成功。

补充：由于fmriprep预处理需要用到freesurfer该软件需要去官网申请licese，会发一封带有license.txt的文件到邮箱，注意把他保存在特定的文件夹，并牢记，，我们后须分析要用。我保存在：/home/username/fmriprep_license/文件夹下

下一篇更新预处理流程

参考：

Installation — fmriprep version documentation；

在ubuntu上配置fmriprep_qq_42698411的博客-CSDN博客_fmriprep安装；

fMRIPrep Demonstration — Andy's Brain Book 1.0 documentation；