fMRIPrep的安装及运行

fMRIPrep是一种基于Python的软件，用于对功能磁共振成像（fMRI）数据进行预处理和分析，旨在提高分析的效率和可重复性。它是一个自动化工具，可以将原始fMRI数据转换为常用的分析格式，并将其预处理以减少可能影响数据解释的伪差异。这些步骤包括去除头部运动、去除噪声、校准时间偏移等。该软件的目标是使fMRI数据处理更容易、更快速、更准确，从而提高神经影像学研究的质量和可靠性。

这里我用的是docker 容器的形式使用fMRIPrep， 主要是简单无脑。

本教程总结安装过程和使用过程中遇到OSError: [Errno 28] No space left on device，

File Path: Files with such naming scheme are not part of BIDS specification和sqlite3.OperationalError: database is locked的问题并且解决方案如下：

安装

先确保已经安装了docker，docker安装可自行去官网查看。

docker pull nipreps/fmriprep #下载fMRIPrep的镜像，这个镜像包含了额外包（FSL，FreeSurfer在内）的所有配置
docker run --rm nipreps/fmriprep:latest --version # 测试下是否能运行

然后去FreeSurfer 那里下载license