第三方包的下载与加载

目录

下载

一、系统自带函数  install.packages()

二、BiocManager安装R包

三、yulab.utils安装R包

四、devtools安装R包

加载

卸载

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下载

一、系统自带函数  install.packages()

利用系统自带的函数install.package()就可以完成很多基础的R包下载，注意（）中的R包名称要加上“”才能被正确识别。但用这种方式能获取到的R包有限，我们需要一些进阶方法来下载R包。

install.packages('batchelor', 'grr', 'leidenbase')

二、BiocManager安装R包

很多时候在安装R包时会提示要安装这个R包，还需要安装balbalbala很多R包，BiocManager就可以很好地帮我们解决这个问题，在安装R包时，它可以自动地安装其所依赖的其他R包。举例如下，注意要是一条语句中相同时罗列多个R包同时安装，要把他们用c()放到一起，不然可能没办法正确安装。

BiocManager::install(c( "batchelor", 'grr',
 'leidenbase', 'Matrix.utils', 'pscl', 'rsample',
 'RhpcBLASctl', 'spdep', 'speedglm'))

三、yulab.utils安装R包

library(yulab.utils)

install_zip_gh("cole-trapnell-lab/leidenbase")

install_zip("D:\\Downloads\\monocle3-master.zip")

install_zip("D:/Downloads/leidenbase-master.zip")

但仍有一些R包是Bioconductor上搜索不到的，比如一些Github上的包。对于这些包我们也是可以利用相应的函数进行安装的。例如yulab.utils包，安装好之后，利用包里的函数我们可以从GitHub上，以及对下载到本地的R包进行安装。格式如上，install_zip_gh使用时需要科学上网，余下两种只要将包下载到本地，安装时不需要科学上网，如果是合租服务器的话解决了无法直接科学上网安装R包的问题。

四、devtools安装R包

#devtools::install_github(“用户/包名”) #Github的R包的安装
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")

加载

library() # R-包的加载

require() # R-包的加载，能返回逻辑值

• 一次安装，每次打开新的窗口都要加载
• R包的加载作为R包安装成功与否的标志
• 在一个函数中，如果一个包不存在，执行到library将会停止执行，require则会继续执行
• require将会根据包的存在与否返回true或者false

if(!require("xx")) install.packages("xx",update = F,ask = F) #xxR包如果加载失败返回F，！取反变为T，执行if后面语句安装xx安装包

• update：参数是否更新
• ask：安装过程是否询问

 for i in xx #循环语句安装R包

• character.only=T：接受字符串变量
• require(pkg)：不能识别字符串变量，它会直接加载'pkg'

library() #查看已安装的包 

search() #查看已加载的R包

.libpaths() #查看所有本地包的安装路径

• 每个人都至少存在两个库，一个是用来放已经安装的包，一个是用来放R安装时自带的包

卸载

remove. packages(c("pkg1","pkg2")) #卸载xxR包