此前小编已经为大家整理过 👉 10款空间转录组去卷积工具的综合比较,除了去卷积,聚类也是空转数据分析中的关键步骤。近日,《Briefings in Bioinformatics》发表了综述文章,根据聚类性能、鲁棒性、计算效率和软件可用性对七个软件工具提供的15种聚类方法进行了综合测试。
测试数据集及算法信息
为了全面评估不同聚类方法的性能,研究团队基于不同技术准备了七个具有真实位置信息的空间转录组学数据集。同时设计了一个RShiny程序,使用真实数据提供的空间位置并考虑到预定的空间模式,将真实细胞类型标签分配给模拟数据中的单个细胞(或点)。对于采用组织学染色的空间转录组学方法,研究团队模拟了红色、绿色和蓝色 (RGB) 的像素值