什么鬼?把简单的事情弄复杂,连多年的生信老司机都给整不会了。还社区驱动?无力吐槽。没入门,已放弃,白白浪费几十分钟。
既然其官网说了, Linux 是数据科学的通用语言 。为何 Nextflow 搭建的流程没有多少 Linux 的影子?
把简单的生信流程,弄成一个堪比 IT 的大工程?
槽点一:过度包装,徒增复杂性
我们就以其官网提供的核心流程 RNA-seq 为例,来看看这东西到底有多复杂。下面是流程目录。
rnaseq/
├── assets
├── bin
├── CHANGELOG.md
├── CITATIONS.md
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── conf
├── docs
├── lib
├── LICENSE
├── main.nf
├── modules
├── modules.json
├── nextflow.config
├── nextflow_schema.json
├── pyproject.toml
├── README.md
├── subworkflows
├── tower.yml
└── workflows
内容很多,其中:
workflows/
└── r