Nextflow生物信息流程(一):简介

Nextflow是一个基于容器的工具,用于构建可扩展、可重复和跨平台的数据分析工作流程,支持多种调度器和平台。通过其简洁的DSL,用户能快速组合脚本,实现无缝并行计算和恢复功能。同时,Galaxy中国社区提供免费服务和生信培训。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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Nextflow通过容器来实现可扩展且可重复的数据分析工作流程。它适用于最常见的脚本语言编写的流水线。其流畅的DSL简化了在云和集群上实现和部署复杂并行的生信数据分析流程。

Nextflow设计基于这样的思想:即Linux是数据科学的通用语言。(PS:这也提示我们,做生信为什么要学Linux。)

快速原型设计

Nextflow允许通过简化将许多不同任务组合在一起来编写计算流水线。用户可以重用现有的脚本和工具,而且无需学习新的语言或API就可以开始使用它。

可重复性

Nextflow支持Docker和Singularity容器技术。结合GitHub代码共享平台的集成,这使你能够编写自包含的流水线,管理版本,并快速重现以前的任何配置。

可移植性

Nextflow在流水线逻辑和执行层之间提供了一个抽象层,因此可以在多个平台上执行而无需更改。

它提供了GridEngine、SLURM、LSF、PBS、Moab和HTCondor批处理调

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