作者:AdaWong_Corner
链接:https://blog.csdn.net/ada0915/article/details/79649769
library类型
SAM file flags:https://biobeat.wordpress.com/2013/04/29/directional-rna-seq-part-1-extract-strand-information-from-sam-file/
library类型可以分解为三个部分:reads的相对方向,library的链型和reads的方向性。如下图所示:
reads的相对方向
I = inward
O = outward
M = matching
1
2
3
library的链型
S = stranded
U = unstranded
1
2
reads的方向性
注意:此项的应用前提是:建库时采用的是strand-specific步骤。
F = read 1 (or single-end read) comes from the forward strand
R = read 1 (or single-end read) comes from the reverse strand
1
2
实例
IU
### an unstranded paired-end library where the reads face each other
SF
### a stranded single-end protocol where the reads come from the forward strand
OSR
### a stranded paired-end protocol where the reads face away from each other,
### read1 comes from reverse strand and read2 comes from the forward strand
1
2
3
4
5
6
7
8
9
与TopHat library类型的对应关系
TopHat | Salmon (and Sailfish) | |
---|---|---|
Paired-end | Single-end | |
-fr-unstranded | -l IU | -l U |
-fr-firststrand | -l ISR | -l SR |
-fr-secondstrand | -l ISF | -l SF |
关于简说基因
生信平台
Galaxy中国(UseGalaxy.cn)致力于打造中国人的云上生物信息基础设施。大量在线工具免费使用。无需安装,用完即走。活跃的用户社区,随时交流使用心得。
生信分析
我们能够承接所有 NGS 组学数据分析业务,包括但不限于 WGS / WES / RNA-seq 等。基因组组装、注释,以及各种重测序业务都可以与简说基因合作。
生信培训
简说基因的生信培训班,荣获学员的一致好评。如果你也对生物信息学感兴趣,欢迎来跟简说基因,学真生信。
联系方式
QQ交流群(免费):925694514
微信交流群(免费):加微信好友,注明“Galaxy交流群”
客服微信:usegalaxy